一是特定的发展阶段和市场环境决定了企业难以承担起创新的主要责任。完善的国家创新系统一般以企业为创新的主要力量，企业是研发投入的主体、技术创新活动的主体、创新成果应用的主体。在我国，处于垄断地位的“国企”兼具生产性、非营利性和非竞争性等属性于一体，对市场的依赖度较低，国企这些特性决定了其缺乏强劲的创新动机和自觉性。而作为传统上最具创新活力的中小企业和私营企业，利润微薄使其面临着强大的生存压力，难以满足技术革新所需的大量研发经费投入，也难以承担创新所耗费的时间成本以及知识产权制度不完善所带来的风险。与跨国公司相比，我国企业不仅在研发投入占比方面低于跨国公司，在研发投入总量上更是远远落后。比如，2010年微软公司研发投入达86亿美元，英特尔公司84亿美元，而我国当年电子信息百强企业全部研发经费仅737亿元，约合113亿美元。[52]所以，市场经济发展的完善程度以及产业结构的特点，影响了我国企业技术创新的动力和能力。
二是高水平、原创性科研成果的不足制约了国家创新系统的活力。国家创新系统建设最关键的是要大幅提高自主创新能力，必须重视作为创新之源的基础研究，为实现科学发展提供知识基础和创新动力。美国科学基金会的研究表明，美国近25年的经济增长，其50%要归功于以基础研究为动力的研究工作。[53]当前基础研究仍然是我国科技工作的薄弱环节，科技整体水平和主要发达国家相比存在较大差距。尽管近年来我国论文产出数量不断提升，但具有国际影响力的重大原创性成果仍然较少。例如，2005—2009年，中国作者在《科学》和《自然》上发表的文献类型为Article的论文数一共444篇，但是与主要发达国家，如日本、德国相比，数量上差距仍然较大。汤森路透科技信息集团更新了ESI-**（基本科学指标）数据库，根据各个国家和地区于1999—2009年在汤森路透索引期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名。排名参照指标为总引用次数、文章数和单篇文章引用次数。其中，中国的总引用次数排名第9，文章数列第5，而单篇文章引用次数未进前20。[54]《2013—2014年全球竞争力报告》显示，在148个国家中，2013年中国“高等教育与培训指数”排名为第70位，“健康与初等教育指数”排名为第40位。[55]
