当拥护学术自由的力量无法抵御反对学术自由的力量时，倡导学术自由的学者可能会面临从警告到解雇或监禁或放逐等轻重不一的惩罚。面对学术自由被侵犯的情况，大学已经有一些措施能保证学术自由的权利，尽管这些措施不足以彻底解决学术自由被侵害的问题，也并非在所有的国家都能被接受、贯彻和执行。在一些国家，学术自由被特定的学术规则、法律所保护，也被传统的规则和价值观所保护。一些国家的终身聘任制和另一些国家教授的公务员地位保证了教授不会有被解雇的危险，即使可能，也是不容易被解雇的。德国就是一个在保证学术自由方面的一个很好的例子。在德国，学术自由不仅被宪法保护，还受到国家强有力的法规的保护。这些法规保护大学不受外界狭隘的利益的侵犯，并保证学术自由不被滥用。如前所述，德国的终身聘任制也有助于学术自由的发挥。除此之外，对学术自由的传统保护来自于教职员工参与学术治理。德国的教授在做出相关决定上有真正的发言权。在这种情况下，学术研究才有足够的生命力抵抗来自行政上的束缚。
（4）大学自治
大学自治指的是大学不受外界的干涉，决定自己的目标、研究计划、评估标准和升职程序等。大学自治对于研究型大学发展的意义在于：大学主要从事基础研究，而基础研究主要是源于研究人员自身的兴趣和关注点，因此必须给予研究型大学自主发展的能力。再者，学术团体本身是对项目是否成功的最佳判断者。然而由于大学和与其相互联系的政府、企业和社会团体所处的立场不同，双方之间存在的张力已经由来已久。大学自治空间的萎缩并不在于外在力量涉足大学的日常运转，而在于外在力量影响大学往符合其利益和逻辑的方向发展。因此，在各方力量之间保持微妙的平衡对于研究型大学的发展是起关键作用的。
