除了公共资金对研究基础设施的支持外，还有一种是通过产学结合，利用企业的资金支持大学的研究基础设施建设。日美公司在赞助大学研究中心方面特别积极。一种办法是公司为了便于利用大学的学术资源，在大学附近建立设施。另外一种办法是公司和大学达成协议：公司通过在大学设立实验室，为大学研究提供资金，日后公司从大学获得知识产品作为回报。还有一种趋势，特别是在美国，公司对大学的研究设施提供赞助，大学进行与公司兴趣相关的研究，其中大多数是应用研究，研究目的主要是为公司研发能在市场销售的产品。通过产学结合的方式来解决研究型大学的基础设施问题有利有弊。一方面，这种方式解决了基础设施建设的资金问题，在某种程度上，为大学的基础研究指出方向；另一方面，大学传统的学术价值因受到商业化的影响而被削弱。据了解，美国的一些名校，如斯坦福大学、加州大学伯克利分校等对从事应用研究和技术转让还是持审慎态度的。[61]
（3）学术自由
学术自由是对研究型大学的基本要求。各国关于学术自由的定义有所不同。作为一个崇尚个人主义、言论自由的国家，美国关于学术自由的定义相对宽泛，认为学者有权利在任何公共的论坛和著作中就专业领域内的某一主题发表自己的见解，甚至有在非专业领域发表见解的自由。新加坡关于学术自由的定义相对严谨，认为学者享有对与本专业直接相关的问题发表见解的自由。德国关于学术自由的概念包括学生学习的自由和教师开展研究、教学以及在讲座中就研究发现进行讨论的自由，这意味着学者有决定研究方向、调查方式，并决定他们教学内容的自由。在这些问题上，国家不容干涉。[62]
学术自由作为研究型大学的核心价值观，对研究型大学科研文化的建设非常重要。只有保证学者在教室、实验室、出版、研究和学术上享有自由，才能发挥教师的科研活力和创造力，然而大学处在由政治、经济、文化组成的生态系统中，学术自由会受到各种因素的不同程度的限制。对21世纪学术自由的挑战不仅来自外在权威，也来自高等教育的商业化等。在美国，对学术自由最具威胁的是研究的商业化。大学出于减轻财政压力、增加赢利的目的，与有关公司进行合作，结果通常是以应用研究代替基础研究。外界也因为科研成果保密的协议而无法了解进展。虽然大学达到盈利的目的，但商业化导向的研究限制了知识的传播和知识创新的自主能力，因此被认为是违反了学术自由的原则。发展中国家同样面临商业化对学术自由的挑战。与西方国家相比，发展中国家的学术自由传统相对比较薄弱，财力基础可能也并不雄厚，因此市场的力量很容易就能左右大学研究的方向、重点，大学因此失去学术自由和独立自主的能力。限制学术自由的另外一个因素是对于政治和社会敏感话题的限制。这些话题往往与宗教和民族问题相关。有关这些问题的研究出版和评论都是被限制的。
