目前，我国解决企业具体技术问题的项目合作多，满足企业持续创新尤其是产业技术重大创新需求的合作载体少，产学研用合作多局限在项目层次，不利于产业重大技术的深入持续创新。政府应采取有效措施鼓励校企共建科研基地，推进我国科学技术的持续创新和集成创新。
2.建设独立研究院所，重构高校科研组织
鉴于大学本科教学的重要性以及“本科教学还是按照院系模式为好”，为不给本科教学工作带来冲击，我国大学仍应维持以院系为主体的纵向教学组织体系。大学科研组织重构的关键在于改革现行的以学院（系）条块分割为特征的科研管理体制，在院系体制之外建立起与教学对等平衡的科研组织体系，可率先以校级独立研究机构的建设为试点来进行，明确该类机构是学校直属的相对独立的科研实体，在校内具有独立的人员编制和经费预算。在具体的构建中，既可以对学校内现有的各类科研机构进行重新确认，也可以根据科技发展趋势，结合国家战略需求，从现实的研究条件，如学术积累、研究水平、研究队伍以及基础设施等出发进行整合。但无论采取哪种方式，独立研究机构都应能集综合性、交叉性、集成性、开放性、共享性、经济性于一体，应能吸引、培养和聚集一批最优秀的科研人才，应能为优秀科技创新团队的成长和不同学术背景的高水平学者之间的交流碰撞提供支撑。
此外，为促进独立研究机构的建设与发展，高校还应制定一些相关政策，采取一些配套措施。①研究机构的管理应实行主任负责制，应建立公开公平的人员招聘与管理制度，尽量减少干预，在宏观监督之下要为研究机构的自行运转开辟足够的空间。②为教师的学术流动创造条件。由于教师一生在科研、教学方面的优势会发生阶段性变化，学校应建立一种合同制度，帮助教师成功地通过这些阶段。这样既能让他们根据自己的能力、特点自由地确定自己某一阶段的专业或工作目标，又能使他们的工作经过一定阶段后从一种学术重点转移到另一种学术重点，从以科研（或教学）为主的岗位转向以教学（或科研）为主的岗位成为可能，从而促进教师在院系与独立研究机构之间的流动。③对教师进行合理分工。参照社会生产力发展带来分工不断细化的规律，大学内部的分工逐步细化也是一种发展趋势。高校应借助先进的科研条件和新型的运行机制，有选择地分流一批科研能力强、有发展潜力的教师主要从事科研活动，以产出一流的成果，造就一流的人才。④科学安排教授的本科教学工作。为了加强本科生教学工作，提高教学质量，各学校一般要求所有教授、副教授都必须为本科生授课，应当说这是完全正确和必要的。但为了保证那些科研能力强的教授们有足够的时间和精力从事科研活动，应对他们的本科教学工作做出合理安排，可采取由某位教授领衔、几位教师共同承担一门课或安排教授集中授课等方式，使教授们只要完成规定的本科教学工作量并保证教学质量即可。
3.建设科技创新平台和哲学社会科学研究基地
从国际上来看，打破原有的链式管理结构，打破少数人员对科学研究及学术活动的人财物的垄断，实现资源共享、合理配置是高水平大学组织模式改革的最重要的发展方向。
我国高水平大学科研组织的构建应以横跨多个专业甚至学院作为跨学科和科研合作依托实体的科技创新平台和哲学社会科学研究基地为重中之重。这种平台是一种矩阵化、网络化、柔性化的结构，教师、科研人员和研究生都是这个网络结构中的一个节点，既属于纵向的院系结构，又属于横向的创新平台。具体而言，人事关系和教学工作可保留在院系，但科研管理服从创新平台的统一协调。
