目前我国高校科技队伍建设的问题体现在五个方面：第一，国际化程度低。高校科研人员参与国际交流学习与合作的机会普遍较少，全国重点高校科研队伍不能按照国际化人才需求的标准来培养、管理科研人员，还不能充分运用国际化人才资源。第二，高层次科研领军人物和拔尖人才匮乏。虽然我国高校科研队伍在总量上居世界前列，但具有创新精神与国际视野的学科领军人才不多，高校更是缺少勇于创新和能解决重大问题的研究团队。第三，高校跨学科研究能力较弱。现实中一切重大课题非通过跨学科的研究不能完成，然而我国高校科研人员欠缺对跨学科研究的严格训练，缺乏跨学科的意识、视野、情怀和对必要学术规范的了解。这与长期以来我国实行分科教学的模式有关。在这种模式下，科研人员对非本专业领域的知识和技能的了解和运用能力都很难满足跨学科研究的需要。第四，科研团队建设落后。我国高校科研团队建设主要存在如下问题：首先，科研团队凝聚力缺失。当前我国高校科研团队大多是围绕项目组成的临时项目组，“个人主义”倾向比较明显，团队整体科研能力、创新能力、凝聚力差。其次，学缘结构单一，本土化。当前我国人才多归属于某一部门或者单位，形成了终身制关系，形成了以“近亲繁殖”为特点的学院体制，呈现出了学术气氛比较沉闷、研究方法刻板、知识老化、思想僵化等特点。
（四）高校产学研政策不完善，高校科研成果难以转化
我国产学研尚存在相关政策及法律不完善、产学研衔接尚不通畅、利益分配机制不完善、缺少风险补偿机制等问题，导致大学与企业之间的产权之争时有发生，大学成果转化率低，合作研发资金非常短缺，产学研合作不长久等。高校目前产学研结合存在的主要问题：一是以项目为载体建立合作关系多，围绕多个企业共同的技术创新需求建立的持续性合作关系少。多数合作是以企业向大学、研究机构一对一地委托项目，大学、研究机构组建临时性项目组的形式进行。二是合作的组织形式松散。意向性的合作协议多，权责利界定模糊，合作关系缺乏法律约束力，合同文本可执行性差，缺乏保障持续性合作关系的组织。
目前高校科研成果转化率低下，产学研用合作效果不明显的根本原因还在于学校的科研激励机制和产学研用结合方式上存在着某些引导上的缺陷，没有达到预期的激励方向和作用，导致科研能力不高，科研成果本身的适用性、先进性、完整性、可行性、可靠性不够。
由于体制制度制约较大、产学研（尤其是企业）自身能力的限制、市场机制的不健全，我国产学研尚未形成稳定完善的合作机制，主要表现在以下几个方面。
第一，大学科研评价体系及科研人员的观念与企业的技术创新需求不符。由于体制原因，长期以来大学科研成果的价值大多单纯以获得国家经费多少、发表论文数量和所获奖励级别等来确定。这种评价体系仅体现科技成果的技术价值，而忽略了市场价值，结果导致科研单纯追求学术价值而与市场需求脱节，也使得高校巨大的创新潜力没有发挥出来。大学科研人员的研究课题选择往往倾向于以知识创新为重点，以科技成果水平的先进为目标，以学术性、科学性为衡量标准，其内容多为学科性、专业性成果；没有从目前企业急需开发的项目中寻找课题，忽视其最终研究成果产品化和工业化的可行性，忽视成果转化成产品的市场定位、市场需求等问题。这就使得高校很多科技成果鉴定之后就束之高阁，直接导致许多成果难以转化为现实的生产力。
第二，企业自主研发能力薄弱，对科技成果转化的“二次创新”不够。高新技术产业的发展，关键在于企业的“二次创新”。然而，目前在我国，企业还没有真正成为科技创新的主体，其自主创新能力薄弱。很多企业仅依赖于引进先进技术，对自主研发能力的开发重视不够。自主研发投入少、研发队伍薄弱是当前我国企业在自主创新方面普遍存在的问题。这就使得大学在科技成果转化中还必须参与“二次创新”，无形中大大增加了产学研合作的难度与大学科研人员的负担。要想使产学研合作真正取得良好效益，完全依靠高校的研发创新能力是不行的，企业也必须重视自主研发中心的建设，加大对研发创新的投入力度，增强企业研发队伍，加强和高校研发力量的交流、互动与合作。
第三，产学研合作中的融资渠道不畅。资金是促进科技成果转化的动脉系统。尽管各地政府都组建了创业投资公司、科技投资公司，并对产学研给予专项资金支持，但是政府创业资本的示范效应并没有发挥很大影响。融资渠道不畅，资金缺乏，依旧是我国大学参与产学研合作过程中遇到的一个突出问题。受特定社会地位的制约，我国高校面临着科研资金不足、缺乏中试基地的现实困境，而我国企业刚刚意识到与大学及研究院所合作创新的重要价值，现在还没有形成流畅稳定的资助支持关系。另外，由于高新技术成果转化风险较大，而我国尚没有建立完善的科技创新风险投资机制，这也影响到科技成果转化的效率。特别是对中小企业来说，大部分企业自身积累并不富裕，能够用于研究开发的经费很少，用于产学研合作的资金相对来说就更少。所以，拓宽产学研项目的资金来源是产学研合作发展过程中一个亟待解决的问题。
第四，大学产学研合作相关法律法规不完善。现行有关产学研合作的规定大多依附于其他方面的法规。截至目前，我国还没有一部专门针对产学研合作的法规。关于产学研合作中发生的利益与权益纠纷并没有具体的处理参照框架，这势必会影响产学研合作的顺利进行。
第五，中介服务结构服务不到位。近几年，我国的科技中介服务机构从无到有，从少到多，有了一定的发展，但我国的科技中介机构大多设置层次低、功能单一、机构不健全，很多中介机构服务体系不到位，甚至有些组织打着科技中介的幌子，钻国家政策的空子，谋取利益，或以推销技术成果为目的，给大学和企业造成损失。此外，全社会对中介服务的重要性认识不足，大多数中介组织制度不健全、设施不完善、服务内容和方式陈旧，从业人员素质有待提高。目前，我国大部分大学尚没有专门设置科技输出中介机构来加强产学研合作关系。中介服务信息传递不够及时和准确，导致大学的很多科技成果找不到需求而无法实现转化。另外，企业需要的技术成果找不到合适的提供者。
