“学校制度是学校教育不可缺失的构成，也是学校变革中不可忽视的重要力量。”[8]有研究者认为当前学校德育的低迷很大程度上正是源于德育系统上所出现生态性的危机，具体体现在管理体制的刻板化，忽视生命个体的多样性；管理关系的对立化，造成德育共同体关系的不和谐；管理环境的封闭化，引起德育生态系统的断裂。[9]
上述问题与发展方向，在学生工作中的制度建设方面，表现尤为突出。当前我国中小学内的学生工作，不是没有组织机构，而是缺乏整合、缺乏领导力；不是没有运行机制，而是缺乏创生、缺乏动态、缺乏有机；不是没有教育价值，而是缺乏自觉。结合中国基础教育改革实践，学生工作领域中的制度建设这一“短板”必须尽快补上。
（一）组织整合与创建
首先是学校学生工作领导机构的整合。在理念引领与整体策划的基础上，当前迫切需要加强整合，提升整体领导力。许多学校都建立有德育处、学生工作部（处）等，但往往同时有大队部、团委等机构。它们直接与教育局、共青团两类行政与党团组织对应。这看似衔接合理，但一旦转换到对学校内部的管理，很快就暴露出问题：班主任与中队辅导员往往是同一个人，但却常常接受两条“线”的领导，相通的甚至是类似的工作要求，会由不同的组织下达，工作中的重复性、繁杂性可想而知。针对这一问题，必须尊重学校学生工作的内在整体性、有机性要求，在学校组织层面首先实现整合。部分学校将两类组织合二为一，统一领导；或清晰界定两类组织的关系，要求两类组织在工作策划与开展中加强沟通、交流，减少重复性工作安排。
其次是年级组建设。在部分高中，年级组的职能涉及教学、学生工作、教师管理等多领域。在更多的中小学里，年级组往往直接负责学生工作，与教研组主管教学改革相对应。此时，年级组的建设就事关学校学生工作的整体质量。就改革走向看，需要凸显年级组对本年段学生成长需要的研究，自主策划、组织本年级学生活动，创造性地建构本年级学生工作的教育系列。与此同时，年级组要直接面向各班级，在班主任配置、培养，组织学生工作研讨，整体参与学校大型学生活动，形成年级个性等方面，多加着力。
再次是班主任专业团队建设。相对于年级组这一行政组织，班主任工作室、课题组等是更为专业性的组织类型，而且其人员构成表现出综合交错的特征，参与者的专业发展目标相对清晰，发展资源相对聚焦。在上述基础上，班主任、学生工作负责人等还可能形成以共同的专业兴趣与追求、共同的专业活动为基础的教师非行政组织，如班主任联谊会、跨学校的同行交往等。相对于我国成熟的教研组织建设，学生工作领域中这一类型的组织建设长期处于缺失状态，这直接反映出部分学校管理者对学生工作专业性的漠视或忽视。学校需要通过专业组织建设，在专业性的实践活动中，培养专业队伍，推进学生工作专业品质的提升。
