大学自治与大学治理的关系非常密切，两个概念有相交的部分。一方面，大学自治的程度依赖于大学治理的模式；另一方面，大学自治的实现要求内部治理的改革。法国学者丹尼尔·洛朗（DanielLaurent）就指出，大学自治是高等教育取得深层次发展的先决条件，然而如果没有好的治理模式，大学的自治也只不过是幻想[17]。法国前总统萨科奇（Sarkozy）也认为，自治是大学的自由，是人事管理、财务、资产、科研和教学等各方面的自由，要想实现这种自由就必须先建立合理的治理模式[18]。因此对于法国大学自治的研究必须从治理的模式出发，而治理模式本身也是多层次的，既包含国家与大学关系中国家的角色及由此引发的学术自由、自我管理的权力，也包含大学内部管理如何实现现代化和职业化，如何建立并完善实现自治的手段。
（二）大学自治的理论研究
不同的人对于大学会有不同的理性认识和追求，人们从不同的大学理念出发进而就会形成自己的教育学观和教育哲学。大学自治是一种对大学本体的看法和理想，常被视为一种经典的源自西方的大学理念。长时间以来，国外学者对于大学自治理念的理解分化出许多不同的角度。
现代大学起源于中世纪的行会组织，法国学者雅克·维尔热（JacquesVerger）认为，12—13世纪的中世纪行会有四个显著的特点：掌控人员的录用，内部自治（有权确立其自身身份、有权确立其官员、有权要求其成员遵守内部规则并开除违规者），公共权力承认的法人地位，持有行会印章（以确认其行为的真实性）[19]。事实上，这些特征也完全适用于21世纪的大学。维尔热这本《中世纪的知识分子》在20世纪50年代出版后迅速引起了强烈的反响，其中描述的那些随着中世纪城市的发展进而从事精神劳动、以教学为职业的教士即为现代大学教师的前身。法国学者雅克·勒戈夫（JacquesLeGoff）认为“13世纪是大学的世纪”，自诞生之日起，“它们在有时与教会势力，有时与世俗势力开展的斗争中，获得了自治权”[20]，这种法权自治包含“在教会的某些地区性限制范围内有向教皇上诉的权利，罢课和分离独立的权利，独揽大学学位授予的权利。”[21]可以说，中世纪的大学管理处处体现着民主和自治，然而随着政府控制了大学的特许权，作为行会组织的大学亦逐渐失去其自治权[22]。
许多著名的高等教育思想家在论及大学的本质、使命、目的时也都论及自治这一基本的大学理念。比如19世纪初对后世大学发展产生深远影响的洪堡（Humboldt），他对大学自治论述着眼于“科学”：在“为了科学的大学”中，教授享有Lehrfreiteit（教的自由），学生享有Lernfreiheit（学的自由），这两种自由都必须依赖于大学这一组织，是相对于国家或地方的公共权力、经济权力、宗教、政治团体、家长甚至学生本身所具有的自治权[23]。他认为唯一对大学有所限制的就是“真理”，而这也正是“自治”的最高标准，因为这样的大学既不为学生个人的职业前途，也不受社会政治经济力量的制约，其存在就是为了探求真理本身，在这个过程中也就实现了自治。
