我国学者眭伊凡也认为，大学自治与学术自由有着必然的联系，它们在“传播和创造高深知识”这一大学内在逻辑基础上的合法性是相似的，但大学自治不包含学者个体的学术自主等诉求，而是指大学作为一个学术组织为避免外界干扰而提出的属于大学整体需要的决策自主和管理自主的要求[8]。1988年联合国在《关于高等教育机构学术自由和自治的利马宣言》曾指出，“学术自由”是指学术共同体成员，无论是个人或集体，通过探查、研究、探讨、记录、生产、创造、教学、讲演以及写作而追求、发展、传授知识的自由；而“自治”则是指高等教育机构在国家和其他社会力量面前的独立性，在其内部管理、财务、行政等方面做出决定，并制定其教育、研究、附属部门以及其他相关活动方面的政策[9]。
美国学者麦基弗（）认为学术自由是大学自治的前提，因为“只有作为机构主要成员的学者、学生是自由的，机构才是自由的”。[10]艾瑞克·阿什比（EricAshby）则认为大学自治的概念更为广泛，它包括：（大学）在院校管理中免受非学术性干预的自由、分配经费的自由、招收教职员工并决定其工作条件的自由、选择学生的自由、课程设置的自由、设立学术成就标准以及决定其评估方法的自由[11]。在现实的教育生活中，学术自由与大学自治之间的矛盾可能会表现为学术权力与行政权力的冲突。如果大学自治的模式导致行政权力可以经常干涉学术事务，或者决策模式中没有对行政权力的限制，那么政府或大学对于学术自由的保障规定就成了一纸空文，从这个意义上可以说，学术自由离不开大学自治的保障[12]。然而两者的关系又非如此简单，英国学者罗杰·金（RogerKing）早年曾做出过一个预测，在“20世纪的大约最后十年中，许多国家大学体制的改革将加强大学的法人自主性，但对大学教师的工作也会增加各种管理上的或其他外部的控制。”[13]事实上，二战后对美国高等教育的分析即证实了金的观点，“学术自由不能由大学自治担保，最近对大学自治的限制并没有太多影响到学术自由……如果被法律或公共观点支持，学术自由可以在大学自治缺失的情况下存在”[14]。而法国学者杜勒蒙（BernardToulemonde）则认为大学自治与学术自由这两个现代大学自治的核心理念相互依存，但在法国，这两个概念却从未有过等同的意义，大学自治意味着“大学行政上的独立”，而学术自由则是指“大学学者学术思想的独立”[15]。
在治理模式中还经常出现的一个概念是管理（gestion）。巴黎八大教授麦雷（GérardMairet）认为大学管理仅是对大学人力和物力资源的管理，而自治的内涵首先应该指涉大学对教学和研究政策享有的决定权[16]。“治理”的概念最早来源于经济管理和公共事务管理，后来才被借用到教育领域。“大学治理”这一概念有多层维度，从外部来讲，主要是指政府与大学之间的关系、不同学术领域的大学之间的关系、处于不同政府和商业环境下的大学与外界社会之间的关系等；从大学内部而言，其治理则涉及大学对自身价值的定位、组织机构设置、人力资源和财务管理模式、权力机构及相关的科层制度等。
