法国高等教育的另一特点就是大学与研究机构长期处于割裂的状态。1939年为了满足高强度的科研项目要求，法国政府成立了国家科研中心（CNRS），后来还陆续建成了国家健康与医学研究院（IMSERM）、国家原子能所（CEA）等机构。这些专业研究单位虽然取得了一定的效果，却也同时削弱了大学的研究力量（国家80%的研究经费都拨给了科研机构；法国前15名大学只占有15%大学研究经费，而在英国这个数字为60%～70%），切断了研究与成果转化之间的天然链条（这一点完全不同于美国硅谷的发展模式）。2006年起，这种状况在法国逐渐得到改善。2006年4月18日，法国议会通过了一项规划法案决议设立“高等教育与研究中心（PRES）”，把各类公立或私立的高等教育机构聚合在这一组织框架下合并业务、共享资源、建立一个更为协调一致的系统。2007年3月，法国政府以政令的形式正式批准了该机构的成立。
（二）法国大学自治研究的不同视角
1.历史的视角
历史研究一直是认识一个国家高等教育本质的重要方法。迪尔凯姆（EmilieDurkheim）作为法国“年鉴史学”的前辈，在其《教育思想的演进》一书中考察了法国长达十几个世纪的教育制度和观念史，描述了中世纪大学“这些复杂的机构”与行会之间的关系，从历史和社会学的角度解读了现代大学自治的起源。专门研究法国大学的著作最早是在20世纪30年代，即圣·伊尔萨（St.D'Irsay）的《法国及外国大学，从古至今》，只可惜内容以记述史实为主，构不成体系。安托万·普鲁斯特（AntoineProst）的研究弥补了教育史学上的空白，其著作诸如《法国教育：1800—1967》、《教育、社会与政治。法国教育史：从1945到今天》、《从历史视角看法国教育》中都论及了法国大学的发展历程。另外还有我国学者较为熟悉的雅克·维尔热，其主编的《法国大学的历史》记述了1968年前法国大学的发展，是重要的编年著作。法国著名百科丛书“我知道什么？”（QUESAIS-JE？）有两本大学史普及读物，《法国大学的历史》（雅克·米诺JacquesMinot，1991）和《大学的历史》（克里斯多夫·夏尔ChristopheCharles和维尔热，2007），两本短短一百多页的小册子时间跨度从中世纪到20世纪90年代，是了解法国大学自治斗争的参考资料。
21世纪初，巴黎政治学院教育社会学教授克里斯蒂·穆斯兰出版了《法国大学的长征》一书。这部高教史将法国大学的发展历程分为大革命之前的旧制时期、“学院共和国”（1789—1968年）时期和1968年之后大学寻求自治重建身份三个阶段，它选择了大学治理模式演变的角度进行分析，是本研究重要的参考文献。穆斯兰认为法国大学最大的特征就是中央行政与学术（学科）的双重集权，自1968年高等教育方向指导法确立了新的建校原则并逐步放权大学之后，虽几十年的时间尚不足以撼动这种双重集权的模式，但“大学”的自治和管理模式改革仍然取得了一定成果。
