大学校长的任期问题，1968年高教法草案的第一版第一条中曾提出2～4年的建议。在当时的改革者看来，2年是一位新校长能够适应其岗位并按其理念开展工作的最短必要时间，而4年的期限又不会让校长脱离自己本职教学或科研工作太久。而法国文化事务委员会让·卡佩尔（JeanCapelle）根据自己在大学中的工作经验认为5年应该是一名校长能够充分发挥自己的治校理念的期限，时任议员德斯坦（OlivierGiscardd'Estaing）则认为与其确立一种“弹性”的任期不如直接将大学校长任期确定为5年。议会接受了这一建议，在1968年最终法律中将大学校长的任期定为5年，并规定校长不得兼任“教学与研究单位”、学校或学院的领导职务及其他公共科学、文化、职业机构的领导职务；大学校长、首要副校长可以不承担教学工作，除非其本人强烈要求承担或部分承担教学工作。事实上，由于校长所处的特殊地位（校长是一个非常特殊的职位：他既是一名教师同时也是行政人员的最高领导[10]）及其承担的大大小小的责任，大部分的校长也难能承担日常的教学研究工作。
另外，大学校长不能够兼任学区区长，由于后者作为中央在地方的代表负有监管大学的责任，因此虽然这条限制没有写入任何条文，但却早被约定俗成。当然，这两种职务也并非完全没有关联，事实上，法国不少学区区长在之前都曾经担任过大学校长。
1978年曾有议员菲利普·塞甘（PhilippeSeguin）向国会提交报告提出校长可以连任的建议，但直到1984年“萨瓦里法”校长任期仍为5年并且不得连任，但5年后可以再次参加选举。大学校长任期出现较大变动是在2007年，“大学自治法”将校长任期缩短为4年，并规定可以连任一届。法国政治学家皮埃尔·马丁（PierreMartin）认为，“任期的长短是一个选举体系是否民主的标志之一。任期越短，职位更迭就越频繁，体现出选举者的权力就越大。”[11]在现代民主社会中，领导者的任期大都为4年。
自1968年高教法确立大学委员会为大学决策机构以来，大学校长都是由该委员会选举产生的。校长一旦就职，校委会则无权撤销其职位，国家教育部也无权解除其职责。1984年12月17日高等教育修正法修改了校长遴选的部分规定，最大的变化就是扩大了校长选举团，要求学校的三个校委员会共同组成大会（Assemblée）按照国家法令及学校章程的规定以绝对多数的结果选出校长。而2007年的法律中又将校长选举权交给了校行政委员会。
长期以来，选举团（校委员会）中各方代表所占席位的多少成为学校内部政治斗争的焦点，“各方都希望能够（在选举团中）增强自己的实力”[12]。这种“间接选举”的方式在“学院共和国”时期甚至造就了几个实力强大的学院“轮流坐庄”（présidence-tournante）的局面。“轮流坐庄”的情况在今天亦不少见，但大多数情况是在大学不同校区间“轮流”。吉莫内（AntoineGimenez）曾经列举雷恩一大为例，该校的校长选举基本上就是在医学院学区、本校校区以及波流校区（CampusBaulieu）之间“轮流”[13]。1960年法国学者莫里斯·杜瓦杰（MauriceDuverger）在研究法国政治体系时也曾对“间接选举”的投票方式发表了自己的看法，他认为在这种选举方式中地方上流占据了绝对优势，由此选出的总统也因此很少有机会滥用职权，换句话说，总统的个人色彩要少得多。“我们看到第三和第四共和国时期爱丽舍宫的掌权人常常是同一类型的。”[14]杜瓦杰的结论同样适用于大学校长的选举。
