尽管从选举程序上看，大学中的不同群体、不同学科都有一定的发言权，然而现实中大部分委员会席位仍然掌握在大型院系的手中（这些院系不仅在人数占优，而且其候选人本身在大学中的影响力更大）。另外还有学者认为，自治改革后大学行政委员会中教授和讲师的席位不到一半，因此校长选举或其他重要决策中，反而可能由少数具有影响力的行政人员或学生代表掌握局势。
三、校长
在法语中，大学校长是“président”而不是某些国家中的“recteur”（在法国，“recteur”指的是学区区长）。曾经在中世纪大学，校长就是行会的真正首脑（caputstudii），享有特殊的荣誉和优先权。那个时期，校长的权力范围相当广泛：“在民族团的协助下，他管理大学的财政；他是大学章程的守卫者；对于大学成员，他具有民事司法权；他召集和主持大学全会；对于外部权力部门，他是大学的正式代表，有资格以其名义协商或介入司法。但校长的实际权力又十分有限，不仅其任期短暂（在巴黎大学，最初为一个月，后为三个月，在波伦亚大学为一年）；还要接受大学全会的经常监控。”[6]后来，代表学科势力的学院不断膨胀，使“校长”一度成为“学院共和国”中的行政傀儡。
20世纪后，不管60年代的“富尔法”还是1984年的“萨瓦里法”都明确地规定了大学校长的职责和权力，并承认校长的功能是实现大学自治的重要基础。校长领导大学，根据国家法令和方针制定本校的教学原则和大纲、代表大学承担民事责任，领导校委员会并主持校委员会会议，负责制定预算并提交大学委员会审批，管理大学不动产，实施行政委员会通过的决议、负责大学内部的人员和财产安全。校长可以将其签字权交与首要副校长、秘书长，或者在涉及学院的事务时交予院长。
长期以来，只有本国、本校的教授且具有校委会委员的身份才有资格成为大学校长的候选人。1968年，富尔出任教育部长，他个人认为：“优秀的工程师或研究人员，即使没有做过大学教授或者未来也不会成为大学教授，也可能出任大学的校长，为大学的现代化发展贡献自己的力量。我不理解为什么没有大学教师资格就不能够担任大学校长。”[7]他还强调了校长权力的重要性，并将大学校长比作公司的“董事长”[8]。“五月风暴”之后议会通过了“高等教育方向指导法”，认可了校长候选人未必一定满足上述两个条件，但同时议会也指出成为校长候选人必须获得国家高等教育与研究委员会（CNESER）的批准并获得2/3教育部投票人的通过。而现实中，“即使在制度上有所松动，非教授人员担任大学校长的可能性也是很小的。这说明法国大学界的传统心态即使在非常时期也不允许采取其他国家可以实行的校长任职制度。”[9]1984年“萨瓦里法”基本上延续了“富尔法”中有关大学校长候选人资格的规定。而对这一规定迈出实质性突破的一步则要等到2007年“大学自治法”，校长资格不再有国籍或本校的限制，但仍必须是教授、研究员、讲师或身份相当。
