此后，“帝国大学”的模式逐渐延续下来，逐渐稳固了政府对教育领域的集权。值得一提的是，在1815年，刚刚上位的路易十八曾颁布政令取消了“大总管”的职位，并且打破了学区管理的方式，在每所大学内部都设立了管理委员会。他认为“绝对的集权体制有悖于政府奉行的自由精神和怀柔政策，集权在某种程度上必然会忽略或无视一些细节问题，而如果能够将这种监管的权力放到地方，学校的要求将会更好地得到了解，地方政府也会更好地关注辖区内教育机构的发展，［……］各地的人事任命都集中在一个人的手中，就很可能出现错误”[13]。只可惜这次闪现着“分权和自治”精神的星火很快就随着百日王朝的卷土重来而灰飞烟灭，此后的复辟王朝则基本延续了过去中央集权的高等教育行政体制。1822年，政府恢复了“大总管”的职位，27个学区得以重新确立。在众多有关19世纪法国大学的描述中，“大学”一词常使用单数且首字母大写，阿兰·雷诺在《大学的革命》中解释说，这一写法特指法国高等教育“囊括全局且等级分明的中央集权行政体系”，而随着这一体系的确立，法国大学完全丧失了其自治权或特权。虽然七月王朝和第二共和国期间[14]，基佐（GuizotF.）、库森（CousinV.）、法鲁（FallouxA.F）.等自由主义学者相继担任教育大臣，并提出了一些为大学争取自由的改革建议，只可惜由于缺乏国王的经费支持，大部分建议均未得以实施。1852年，路易·波拿巴登上第二帝国皇位，继续对教育实行集权控制。1854年，全法被划分为16个学区，国家对大学的中央集权继而转为通过学区区长对学院的监管，19世纪50年代末，拿破仑三世开始推行“自由帝国”的政治体制改革，其教育部长迪鲁伊（DuruyV.）建议改革高等教育，设立“科学预算”经费，使教育适应经济发展、满足国家最大利益，只可惜这些具有建设性的提议均未获得政府或教会的支持。
1870年拿破仑三世在普法战争中惨败直接导致了第二帝国的土崩瓦解，战败的耻辱感使众多有识之士开始反思战争并投入到对德国的研究中，比如著名的教育家泰纳（Taine）、勒南（Renan）、拉维斯（ErnestLavisse）以及政府教育官员路易·里亚尔（LouisLiard），他们都主张建立洪堡式的大学制度，提倡大学自治，要求打破孤立的学院设置，发展研究型大学。
第一次世界大战前，第三共和国在教育方面的改革表现较为积极，为“大学”的发展创造了契机。1875年7月政府出台新的高等教育法，特别指出高等教育享有“自由”的原则。然而法律似乎走得太快太远，它甚至将国家长期垄断的学位授予权下放至各个学院，并允许私立大学的设立，因此，这些可能威胁到传统中央集权体制的条文很快就得到了修正[15]。1885年7月法国政府又连发两道政令，先是承认“学院”具有民事法人资格，从而准许学院接受赠与、遗赠或社会团体提供的各类资助，接着又在各学院设立了“学院委员会”（conseilgénéraldesfacultés）和学院大会（Assembléedesfacultés）[16]，同时规定学院院长由选举产生，需具有教授资格，3年为一届任期。而更有意义的改革则是在1898年，政府出台了“公立大学组织法”，明确规定各个学区内文、理、医、法、神五所“学院”组成一所“大学”，并将“学院委员会”更名为“大学委员会”（conseild'université），委员会委员包括学区区长、大学各学院院长、各学院选出的两名教授代表、大学下属的机构负责人、下属机构的教师代表以及校外代表。自此法国大学内部决策机构的雏形出现，促进了“大学”的复兴。
