一、中世纪“学者行会”的自治斗争
公元11世纪，在西欧地中海经济发展迅速的地方逐渐兴起了一些自治城市，城中的商人和手工业者自行结成“行会”（universitas）以便能够自主地管理并决定各自行业内部事务。12世纪的巴黎是一座繁荣而有序的城市，其在斯德岛上的圣母院大教堂学校和塞纳河左岸的圣热纳维耶夫教堂以教授神学而著称于世。1180—1210年间，为追求知识和真理聚集在一起的学者或学生也建立了自己的行会，即“教师与学生联合会”（universitasmagistorumetdiscipulorum），也就是中世纪大学的前身。
中世纪大学的自治权主要是来自国王、教皇、主教或市镇当局的特权，大学争取特权的方式主要是罢课或离散，然而不管是因为大学享有知识发源地的美誉，或是出于其在城市中作为重要消费群体的地位，国王和教会通常都会对大学做出让步。
语言和风俗的差异使大学人员与城市自由民之间的冲突时有发生，国王的士兵有时也会出于嫉妒学者们享有的免税等特权而在大学周围频频滋事。1200年，在一次流血事件之后，教师和学生以罢课和迁址相威胁向国王菲利普二世严正抗议，后者迫于压力，赋予巴黎大学以“法院地特许权”，将各类与大学相关的司法事务交予教会处理，同时还承认了大学教师和学生享有的罢课权。这一依附于教会的司法地位使得教师和学生感受到自治和自由，当然这一做法更多地是出于对人身和物质安全的考虑，学者们更想得到的是学术事务的自治，包括人员录用权，授课准许权[1]等，然而这些具有决定意义的权力却一直掌握在巴黎主教及其督学的手中。这一时期巴黎地方教会滥用职权，要求学生缴费以获得授课准许，引起了学生和教师的强烈不满，他们向教皇英诺森三世提出申诉，1208年，曾经在巴黎学习过的英诺森三世要求地方教会无偿颁发授课准许证，并将授课准许分为神学、艺术、法学和医学四大类，这就形成了法国大学最早的四大学院。1215年，英诺森三世正式确认了“教师与学生联合会”的合法地位，准许大学自行制定章程，标志着巴黎大学的正式诞生。此后逐渐地，“教皇帮助大学摆脱了教会和世俗的地方政权的控制，……同时在某些地方将大学置于罗马教廷的直接司法管理（之下）。”[2]1231年，教皇格里高利九世颁布“科学之父”教谕（parensscientiarum），限制巴黎主教干涉大学事务，允许能够颁发授课许可证的学校都称为“大学”（studiageneralia），到1250年，巴黎大学的特权已经扩展到自主制定内部章程、人员选举和司法豁免，大学教师还享有免除兵役、自用商品税等特权，成为中世纪欧洲大学中的典范。
总体而言，13世纪是巴黎大学飞速发展的时期，教皇和世俗王权各自看重大学培养人才或发展知识的功能对巩固自己地位的作用，因此总是出于某些目的给予大学这样那样的“恩赐”，但大学由此获得的特权或自治权仍为有限，有时甚至会因为掌权者个人的主观态度而出现逆转。比如1225年，“教皇特使、圣昂日的枢机主教砸碎了授予大学的大印章，直到1246年才得以重新授予”[3]。又如，在大学内部，教皇一直支持虔诚的托钵修会教士[4]，1250年教皇允许所有符合条件的托钵僧都可以获得神学授课准许证，促进了托钵修会在大学中的发展，到1254年时，其在巴黎大学神学院15个教席中已占据了12席。世俗教士向罗马教廷申诉希望能够对修会教士有所限制，然而继任者亚历山大四世不仅支持后者，反而于1255年颁布圣谕取消大学教师的罢课权。
二、特权渐失——从百年战争到法国大革命
