二是大学内部学术权力与行政权力的界限不清。行政权力和学术权力常常交织在一起，造成分工不明，责任不清，导致行政权力与学术权力的相互越位。一方面，行政权力常常替代学术权力，以行政管理的方式管理学术事务甚至于包办学术事务。另一方面，也存在着学术权力使用不当，学者在学术事务中观点偏颇、意见不一致，或在非学术事务中发挥作用的意志过于强烈等现象，对行政权力的行使产生不利影响。
三是学术权力的主体，教授及学术组织的作用不突出。高校的校级学术委员会中，学校和院系以及职能部门的负责人所占比例较高，学术组织的成员构成存在着明显的缺陷。学校和院系领导虽然也是相关学科的专家，但在学术事务决策思维上多少带有行政色彩。由于校务委员会、教代会制度不够健全，学者及学术组织缺少影响决策的制度化渠道，不能构成对行政权力的有效制约。在学校重大问题的决策中，学者及学术组织参与决策的途径和方式有限，权力得不到充分体现，影响了他们的积极性和创造性。
四是缺乏相关法律制度及其实施细则的保障，学术权力的合法性和可操作性在实践中难以体现。按照《高等教育法》的规定，“大学学术委员会的职责是审议学科和专业的设置，制定教学和科研计划，评定教学、科研成果等，”但在实际运行过程中，学术委员会主要发挥咨询审议的功能，且议事规则不规范，相关决议的效力不明。
2.大学“行政化”产生的原因
应该看到，我国大学管理中普遍存在的“行政化”或“泛行政化”现象有其深层次的产生原因：既有大学内部的原因，又有大学外部的原因；既有历史的原因，又有现实的原因。只有正确认识和分析产生大学“行政化”现象的原因，才可能提出破解大学“行政化”难题的策略和措施。
大学内部存在行政权力和学术权力的对垒，是产生大学“行政化”现象的客观原因。一般而言，大学内部事务可以分为学术事务和非学术事务（或行政事务）。与此相对应，大学内部存在着两大并行的权力系统。一种是以行政管理组织结构为网络的行政权力系统；另一种是以教授、专家、学者为核心，以学术组织为主体的学术权力系统。行政权力扎根于权力授予，来自组织的委派或任命，突出照章办事和等级服从，主要通过行政命令和指示自上而下贯彻执行，具有整体性、层次性和强制性。其价值定位是保障大学组织目标的实现，保证教育方针和办学思想得以落实。学术权力是学术组织及学术人员通过各种途径管理学术事务的权力，它不是外部赋予的，而是大学的内在要求，是大学本质特性的外化，主要依靠学者基于学术构建的权威对客体产生影响，具有松散性、非强制性、自下而上等特点，其价值追求是保证学术标准得以贯彻，学者所从事的学科得以发展，学术人员的学术权力得以保障。大学的行政管理和学术管理协调匹配、共同作用，才能保证大学在整体稳定有序的状态下不断发展和提高。一所大学组建后，行政权力便相应产生。随着大学职能日益多样化，大学组织的复杂性增强，对行政权力的依赖性加剧，使得行政权力在行使中不断强化。而学术权力的产生和培育相对缓慢，其权威性的树立需要较长时间，其有效履行的组织保障和制度保障均明显弱于行政权力，经常受到行政权力的压制，这在客观上导致了大学内部管理容易产生“行政化”现象。
