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为了提升高等教育财政在个人、高校及地区间分布的公平与效率，有代表性的建议如下：建立高等教育财政公平和效率的双重目标，尽快改变非重点院校“高收费+低资助”的财政现状，普遍推行“高收费+高资助”的财政政策（李文利，2006）；[82]建立并规范高等教育财政转移支付制度，将其作为政府间利益关系与权责关系的一种协调机制（黄维，2005），[83]按照生源结构、高校布局、毕业生就业去向，结合地方实际财政能力、教育成本、学龄人口数等客观因素，科学设计转移支付公式（刘宛晨、周伟，2007）；[84]完善高等教育成本补偿制度，建立与之配套的有针对性的奖学金、助学金、贷学金、教育费减免等资助政策（谭红，2008）。[85]构建高等教育涵盖过程绩效（包括耗用绩效和配置绩效）、成果绩效和监管绩效的教育财政支出评价体系，提高财政投入效率（王敏，2007）。[86]

柯佑祥（2007）认为经过20世纪90年代末以来的高等教育规模的扩张，我国高等教育投资的效益与质量有下降的趋势：一方面，高等教育投资出现社会收益率上升和个人收益率下降的“一升一降”的趋势；另一方面，表现在高等教育投资的公共成本增加。要建设质量效益高的高等教育投资体系，就要正确认识高等教育投资的生产性功能，加大对高校人力资本的投入，优化高等教育投资结构，发展各种类型的优质高等教育，依法加强高等教育财政支出的绩效评价，努力提高高等教育投资效益。[87]

陈建俞（2004）采用系统分析的方法对高等教育投资政策执行情况进行了研究，认为影响我国高等教育投资政策执行系统的因素有高等教育投资政策执行主体因素、高等教育投资政策执行客体因素、高等教育投资政策执行环境因素和高等教育投资政策本身因素。高等教育投资政策执行主体因素包括政策执行者和政策执行组织。高等教育投资政策执行客体因素包括高等教育投资政策问题以及目标群体。高等教育投资政策执行环境因素由政治环境、经济环境、文化环境和教育系统四个因素组成。高等教育投资政策本身因素是指政策的科学性、政策的可操作性、政策的协调性、政策的稳定性、政策的公平性和决策的民主性。[88]

张小萍（2009）从高等教育成本和收益两方面对教育投资的投入和产出关系进行了分析，并从高校的人力资源、物力资源及财力资源三方面对中国高等教育资源利用效率进行评价，建立了中国高等教育投入绩效评价指标体系，运用平衡计分法，从客户维度、内部运作维度、发展维度、财务维度给出了中国高等教育投入绩效评价模型。[89]

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