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虽然我国政府在完善高等教育财政方面进行了许多有益的改革，如财政拨款模式由中央统一计划拨款改为分级计划拨款；财政拨款方式由“基数+发展”变为“综合定额+专项补助”；建立了以国家财政拨款为主，多渠道筹措教育经费的多元化的高等教育投资体制（李永宁，2006）[35]等，但仍存在一些亟待解决的问题。中央政府在高等教育发展中存在财政责任缺位、越位和缺失现象（李碧虹、柯佑祥，2006），[36]事权与财权相脱离、预算执行不“到位”、缺乏完备的监测评估体系（储敏伟、王莹，2007）[37]和科学规范的财政转移支付制度（李建发、郭鹏，2004）。[38]更有学者通过实证分析发现，我国高等教育财政政策的执行远未达到促进公共资源分配公平的预期目标，也没有解决短期意义上的经济能力约束对入学机会的影响（李文利，2006）。[39]

针对以上问题，我国学者在高等教育财政政策与体制改进方面的总体思路可以总结为：高等教育财政政策应鼓励多元投入，促进公平、提高效率。[40]孙平生（2001）认为，我国教育财政投入的总量有限，不可能满足教育发展的全部需要，应对不同类型学校实行不同的财政政策。[41]袁连生（2002）提出应选择“限制公立高校规模，稳定或降低公立高校学费水平，大力发展全成本收费的民办高校”的财政政策。[42]整体而言，学者们对高等教育财政政策的建议主要集中在以下几个方面：切实履行公共财政职能以明晰权责，保证教育财政投入的力度；[43]重塑教育、财政与计划部门对高等教育的分权模式以最大限度地实现“财权”与“事权”相统一；[44]健全高等教育财政转移支付制度以适当对高等教育投资净流出地区进行成本补偿；构建用绩效预算取代“定额预算”的预算体系以使教育财政投入科学规范；完善助学政策体系以使财政投入彰显公平；建立绩效评价体系以提高教育财政资源配置效率。[45]

（二）关于高等教育财政拨款机制、模式与投资政策的研究

与财政管理体制相适应，我国高等教育财政拨款也分别按照公办高校隶属关系由中央、地方分别负担和管理。在拨款模式上，大致经历了由“基数加发展”到“综合定额加专项补助”再到“基本支出预算加项目支出预算”几个阶段。[46]但现有财政拨款机制并不完善：拨款参数单一，忽略了拨款机制的多目标要求，[47]助长了高校规模扩张，不利于办学质量的提高；综合定额缺乏合理差异和有效分类，无法体现不同类型、层次、专业的办学成本；缺少管理绩效激励因素，无法发挥财政政策的导向作用。[48]鉴于此，王善迈（1996）提出了由政策目标、效率目标、效益目标、公平目标构成的多重目标拨款标准；[49]柯佑祥（1999）提出了“普通基金＋专项基金＋非政府基金”的高校综合基金制；闵维方等人指出高校拨款和学校绩效挂钩是改进政府对高等教育财政拨款的努力方向。[50]学者们对此类问题的研究大都采用国际比较的方法，在引进经验的基础上提出了诸多建议。夏建刚（2002）认为，绩效拨款是国际大势所趋，政府部门应着手制定适合我国国情的绩效拨款指标系统，将拨款与评估相结合；[51]魏新（2000）在以往拨款公式的基础上，增加了一系列鼓励高校提高效益的政策参数，并在调整系数中增加了过渡期，以避免拨款数额的剧烈变动。[52]马陆亭（2006）在借鉴国外经验的基础上，提出了应按“基本支出预算+项目支出预算+绩效支出预算”的要求改革我国高等教育财政拨款模式的构架。[53]