政策主体是指整个政策周期中进行能动活动的组织和成员，主要包括政策制定主体、政策执行主体、政策评估主体。从高等教育投资政策在单一——微调时期、增量——开放时期、多样——转型时期和多元——发展时期的历史变迁来看，其政策主体趋向多元化。
（一）政策制定主体从以中央政府为主的单一模式转向以省级政府为主，中央和省级两级管理的模式
在政策制定单一主体模式下，中央政府是唯一的政策生产来源，地方政府作为政策执行主体，仅起到上传下达的作用。随着高等教育管理转向中央与省级两级管理体制，地方政府在解释中央政府颁发下达的政策的同时，逐渐加强了地方统筹的力度。特别是1993年《中国教育改革和发展纲要》及其《实施意见》的颁布，要求建立一个与逐渐走向成熟的社会主义市场经济体制相匹配的高等教育管理体制。经过几年“共建、合并、协作、划转”，长期以来“条块分割”的高等教育管理体制被打破。高职高专院校的审批权和招生权下放给各省自行安排，更是扩大了省级政府的高等教育投资自主权。省级政府更多地承担起本省内高等教育的统筹责任，并积极进行投资政策创新。省级政府根据本区域经济社会发展对高层次人才的需求规划本省高等教育发展，在高等教育投资总量、投资结构及分配模式等方面要求与经济社会发展相适应。上海、北京、天津、浙江、江苏等历史上经济比较发达、高等教育基础比较好的省市率先开展了区域高等教育发展战略研究，并转化成为地方政府的重大决策。而以广东为代表的原来高等教育基础比较薄弱但经济领先崛起的省区，也利用本省雄厚的资金条件满足本省高等教育迅速发展的迫切愿望。例如，广东最早与教育部倡导高校共建活动。中山大学、华南理工大学于2001年以省部共建的方式进入国家“985工程”建设行列，在教育部和广东省的共同支持下向世界一流大学迈进。教育部投入中山大学、华南理工大学的专项经费分别为3亿元和2亿元，广东省投入中山大学、华南理工大学的专项经费分别为9亿元和2亿元，共计16亿元。广东还积极进行政策创新，吸引民间资本，61所独立设置的高职院校中民办高职院校就有19所，占30%。
2004年，教育部经过论证和研究，决定与中西部无教育部直属高校的省（自治区）各共建一所地方所属大学。河南省的郑州大学和河南大学分别于2004年、2008年进入省部共建行列。河南省政府借此机会，积极筹资，每年都安排一部分专项资金用于郑州大学和河南大学的省部共建。但由于地方财力所限，其投资规模与广东等经济发达省份存在较大差距。因此，政策制定主体的增多，使得区域之间政策差异程度逐渐加大，形成了高等教育区域化发展模式。
（二）高等教育投资政策执行过程中涉及越来越多的主体
随着高等教育投资渠道由单一走向多元，形成了财政拨款、学生收费、学校创收、社会捐赠、社会融资五大投资来源。而高等教育多元化投资政策执行的过程中，往往渗透着社会整体利益、地区利益、部门利益和个人利益的冲突和斗争，如果得不到很好的协调，就会导致政策的扭曲与失真。
高校在投资政策变革过程中由政府的附属机构逐步演变为市场经济体制中的独立法人。1995年颁布的《教育法》明确规定，“学校及其他教育机构具备法人条件的，自批准设立或者登记注册之日起取得法人资格”。法人地位的确立更有利于确保高校的办学自主权，而多渠道筹资和对经费进行管理，作为办学自主权中的重要内容，被国家法律予以肯定。
政府职能在新的法律关系下，由对学校的直接行政管理，转变为运用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。政府对高等教育的目标导向和协调平衡使其成为高等教育事业的规划者和协调者。
