自2000年开始，经国务院批准，教育部、原国家计委、财政部每年都下发专门通知，对高校收费做出明确规定。2001年国务院纠风办和教育部联合下发《关于进一步做好治理教育乱收费工作的意见》，要求普通高校收费不准违反国家和省级人民政府批准的高等教育收费规定，不准另立收费项目，不准提高收费标准。规定2001年高等教育收费要稳定在2000年的水平上，不得再提高。不准以任何理由或形式搞“双轨”收费，以及向学生强制服务，变相收费等。2003年5月，教育部、发改委、财政部再次发出通知，稳定高等教育收费项目和标准。2003年6月国务院七部委联合召开全国治理教育乱收费工作电视电话会议，陈至立同志在讲话中指出要千方百计加大对教育的经费投入，为治理教育乱收费问题创造良好环境。2005年4月教育部等七部门联合发布《关于2005年治理教育乱收费工作的实施意见》，其中要求高校收费继续保持稳定，不得出台新的收费项目和提高收费标准。高校凡实行学分制收费的，必须按规定程序报经省级人民政府批准，学生正常完成学业所缴纳的学费总额不得高于实行学年制收费的学费总额。2010年教育部等七部门下发《关于2010年治理教育乱收费、规范教育收费工作的实施意见》，提出深入实施高校招生“阳光工程”，进一步规范高校收费行为的要求。严格规范高校体育、艺术专业招生和成人教育及自学考试收费行为，加强高校中外合作办学收费管理，民办高校（包括独立学院）要对各项收费和使用情况进行公示。
在规范收费制度的同时，我国不断加强对高校学生的财政资助。1999年6月教育部和财政部下发《关于进一步加强高校资助经济困难学生工作的通知》，对原国家教委、财政部发布的《关于在普通高等学校设立勤工助学基金的通知》中的部分内容进行修改，即从1999年9月1日起，各高校每年必须从本校所收学费中提取10%（未修改前为5%）的经费，用于对困难学生进行资助，同时实行学费减免制度，具体减免对象和额度由学校确定。2003年全国高校学费减免金额约为4亿元，享受减免的学生约为20万人。2007年5月，国务院发布文件，建立健全普通高校、高等职业院校和中等职业学校家庭贫困学生资助政策体系。这是我国继免除农村义务教育学杂费之后，促进教育公平的又一重大举措。
为健全学生资助体系，我国还制定并不断完善国家助学贷款制度。1999年根据《国务院转发中国人民银行等部门关于国家助学贷款管理规定（试行）的通知》精神，从1999年9月1日起，北京、上海、天津、重庆、武汉、沈阳、西安、南京八个城市的中央部委所属高校的国家助学贷款试点工作由教育部直接负责管理。为确保国家对经济困难学生的助学贷款工作顺利实施，教育部在1999年8月下发《关于下达1999年国家助学贷款额度及有关工作事项的通知》，同年9月教育部与财政部联合下发《国家助学贷款管理操作规程（试行）》，明确在教育部设立全国学生贷款管理中心，为全国助学贷款部际协调小组的日常办事机构；中国工商银行为中国人民银行批准的国家助学贷款经办银行；贷款对象为学校中经济确实困难的全日制本、专科学生。学生贷款用于支付借款学生学习期间的学费、基本生活费用的支出。国家助学贷款为担保贷款，最长期限不超过借款人毕业后4年，不办理展期。学生所借国家助学贷款利息的50%由财政贴息，其余50%由学生个人负担。
