为了帮助河南、山西等没有教育部直属高校的省份加快高等教育发展，2004年，教育部实施共建计划，与地方政府联合共建一所地方重点大学，并在政策资金上给予一定的投入。郑州大学成为第一所共建的院校。经过积极努力，2008年河南大学成为河南省第二所与教育部共建高校。这是教育公平在高等教育领域的一种体现。
3.改革科研经费的投资政策
1999年我国实施《面向21世纪教育振兴行动计划》，其中规定实施“高层次创造性人才工程”，加强高校科研工作，使高校积极参与国家创新体系建设，要采取国家拨款与自筹经费相结合的办法增强科研经费支持力度，提高科研、教学质量及设备装备水平。高校实行国家重点实验室和开放实验室访问学者制度，国家设立专项基金，用于实验室业务费用。实施“高校高新技术产业化工程”。加强产学研合作，鼓励高校与科研院所开展多种形式的联合、合作，在高校周围形成高新技术企业群。教育部成立高校发展资助机构，用于资助高校有开发前景的重大科技项目。1999年5月教育部、财政部联合发布《面向21世纪教育振兴行动计划专项资金管理暂行办法》，规定“行动计划”专项资金来源于国家财政拨款。专项资金的管理实行“统一规划、分类指导、按照现行经费渠道管理、单独核算、专款专用、结余留用”的原则。在“行动计划”专项资金安排使用上明确了财政部、教育部以及有关单位的职责与权限。该计划采用了政府目标管理方式，调动了学校、地方和部门三者的积极性，中央三年投入共达到了144.69亿元。
4.改革预算编制，提高资金使用效率
2000年，国家实行以部门预算为主要内容的预算编制改革，教育部是其中的试点单位。这一改革的核心是建立适应市场经济体制的公共财政框架。在具体预算编制内容上，支出预算被划分为基本支出预算和项目支出预算。对于高等教育领域，项目管理已经在高校进行了几年，这一改革使部门管理更加科学、合理、透明，有利于人大审议、监督。2002年10月教育部印发《教育部2002年财政国库管理制度改革试点工作实施方案》的通知，对天津大学、南开大学、山东大学、青岛海洋大学、石油大学（华东）等高校进行试点，重点为财政直接支付和财政授权支付，以减少中间环节。
（二）学校融资政策（社会资金及银行贷款）
1999年政府开始大力鼓励高校向金融机构融资。教育部2001年7月印发的《全国教育事业第十个五年计划》中明确提出：“适当运用财政、金融、信贷手段发展教育事业，合理利用银行贷款，继续争取世界银行贷款项目。”为此，高校采取了一系列措施，利用银行贷款和其他金融形式为高校扩招提供资金支持。
1.积极利用银行贷款进行基础设施建设
为适应高校扩招的需要，我国高校纷纷向银行贷款，用于征地、扩建校舍、实验室及其他教学基础设施。山东省教育厅所属23所高校贷款75亿多元；四川省各银行向高校发放贷款52亿元；湖南省25所高校中长期贷款近100亿元…… 在银行贷款支持下，不少地方兴起大学城建设。廊坊东方大学城投资达50亿元，宁波市高教园区投资32亿元，南京市江宁大学城投资40多亿元，仙林大学城投入50亿元，广州大学城投资高达120亿元，这些资金主要是依靠银行贷款。
2.积极利用股份合作等方式进行后勤社会化改革
