虽然政府千方百计增加教育收入，但教育投入与需求之间的矛盾却更加突出，一些高校在资金供给不足的情况下，为适应事业发展的需要，积极利用银行贷款改善办学条件，解决了事业发展过程中的实际困难，但也出现了一些不容忽视的问题，如部分高校对贷款的风险认识不够，还贷的责任意识不强；个别高校贷款论证不充分，贷款规模大大超出高校的经济承受能力；有的高校缺乏勤俭办事业的思想，不切实际地依靠贷款铺摊子、上项目，盲目追求高标准。针对这些问题，2004年7月15日教育部、财政部印发了《关于进一步完善高等学校经济责任制加强银行贷款管理切实防范财务风险的意见》。同年9月8日河南省教育厅、财政厅转发了该文件，提出“谁贷款、谁负责”的原则；建立大额贷款备案制度，加强贷款宏观管理；建立预警提示制度，强化风险控制能力；建立专项检查制度，加大宏观监控力度等要求。并要求自文件下发之日起执行，各省辖市教育局、财政局及所属高校参照执行。
2004年11月河南省教育厅、发改委、人事厅等单位联合印发的《关于进一步促进民办高等教育发展的意见》指出，要“拓宽融资渠道，积极为民办高等教育发展提供资金支持。”支持民办高等学校进一步拓宽融资渠道。鼓励国有商业银行积极为民办高校提供信贷支持，提供贷款优先、利率优惠服务。支持民间资本参与民办高校，解决融资困难问题。支持民办高校利用国际金融组织贷款和外国政府贷款发展民办高等教育。
为进一步加强对河南省高校贷款行为的规范和管理，明确还贷责任，防范财务风险，确保河南省高等教育事业的持续健康协调发展，结合河南省实际，2006年11月10日河南省教育厅下发了《关于规范和加强高校发展贷款管理工作的通知》，对高校的筹资、融资规模进行了规定，指出“各高校必须正确处理好事业发展需要与实际经济承受能力的关系，量力而行，合理确定贷款规模，制定切实可行的还贷计划和措施，建立校内完善的风险防范机制，防止脱离实际大搞建设，形成债务风险。”同时还提出了“谁贷款，谁负责”的原则。“必须高度重视贷款管理工作，坚持自我管理、自我约束，认真开展贷款自查自纠工作，坚决纠正不规范筹资行为，坚持按国家政策规定执行，消除各种隐患，务保高校稳定大局。”截至2006年年底，全省高校贷款余额共133.6亿元，为避免贷款引起的债务风险的增加，教育厅出台了一系列文件，放缓了高校贷款的步伐。
针对河南省高校贷款中存在的问题，为进一步加强河南省高校银行贷款的管理，积极防范财务风险，提高贷款资金的使用效益，确保河南省高等教育的持续健康协调发展，2007年4月20日，河南省教育厅下发了《关于进一步加强高等学校银行贷款管理工作的通知》，指出要建立健全以校（院）长负全责的学校经济责任制、建立有效的风险防范机制、建立新增贷款审批和备案制度、严格控制贷款资金使用方向、进一步完善贷款风险预警提示制度等，加强了对学校贷款的宏观管理与监控。
针对不少高校在利用银行贷款和自筹资金征地建设新校区或对原有校区进行扩建过程中，资金需求量较大，融资渠道主要依靠银行贷款，且贷款结构不甚合理，集中还款压力较大等问题，2007年5月9日河南省教育厅印发了《关于进一步加强我省高校新校区建设管理工作的通知》，指出“从2007年起，原则上不再审批高校新建或扩建校区”，“已经批准新建或扩建校区的高校，要根据轻重缓急，按照‘实事求是、量力而行、分期建设、规避风险’的原则进行建设”，“继续强力推进全省高校老校区土地置换工作，盘活现有高等教育资源，最大限度地缓解河南省高校新校区建设资金的压力”。
为鼓励省属高校加快贷款偿还，减轻债务负担，促进高等教育事业的健康发展，2007年8月22日，河南省财政厅、教育厅联合下发《关于建立省属高校发展贷款及其偿还情况季报制度的通知》，指出从2007年第三季度起，建立省属高校发展贷款及其偿还情况季报制度。对使用老校区置换资金偿还贷款的和贷款余额比上年同期减少的省属高校，省财政厅将重点给予贷款贴息奖励。
自1999年高等教育扩招以来，河南省高校抢抓机遇，大力开展“扩容建设工程”，利用银行贷款进行教学、后勤服务设施等基本建设，高校校园占地面积、校舍建筑面积、图书、仪器设备和专任教师都成倍增加，有效地改善了高校的办学条件，满足了连年扩招的需要，但也增加了高校的财务负担和风险。
（五）社会捐赠政策
1999年，我国颁布了《中华人民共和国公益事业捐赠法》并于当年9月1日起实施。该法案将社会和个人、团体对教育事业的捐赠包含其中，除了在对受赠人（或单位）在捐赠财产的使用、管理等方面提出相关法律要求外，还实行给予捐赠人（或单位）在所得税以及各种增值税上给一定减免等一系列优惠政策。[3]
为了拓宽社会捐赠渠道，2004年，财政部、国家税务总局下发《关于教育税收政策的通知》，规定：“纳税人通过中国境内非营利的社会团体、国家机关向教育事业的捐赠，准予在企业所得税和个人所得税前全额扣除。” “对境外捐赠人无偿捐赠的直接用于各类职业学校、高中、初中、小学、幼儿园教育的教学仪器、图书、资料和一般学习用品，免征进口关税和进口环节增值税。”
2004年3月，中共河南省委、河南省人民政府发布《关于加快高等教育改革与发展的意见》，提出“坚持多渠道筹措教育经费。……鼓励企事业单位、社会团体和个人投资办学、捐资助学，并落实国家规定的税收优惠政策。”
2007年3月，我国颁布了《中华人民共和国企业所得税法》，并于2008年1月1日起施行，在该法案文本及其后颁布的《中华人民共和国企业所得税法实施条例》中，对企业对教育的捐助行为进行了政策性引导，《企业所得税法》第九条规定：“企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。”
捐赠政策是为了鼓励社会投资高等教育，但该时期其效果在河南省十分有限。
