1999年，改革开放后第三次全国教育工作会议提出“积极发展高等教育，扩大招生规模”的政策。同年全省教育工作会议以后，河南省开始实施扩大高等教育招生的政策，按照“量力而行、尽力而为、扩大规模、持续发展、遵循办学规律、避免大起大落”的原则，保证了扩招工作的顺利进行。连续3年的扩招，使全省高校在校生数达到36.91万，增量、增速是改革开放以来最快的几年[1]。2002年河南省高等教育进入大众化发展阶段。2004年，省委、省政府专门召开全省高等教育工作会议，下发了《关于加快高等教育改革与发展的意见》，进一步加大高等教育投入，加快河南省高等教育的发展步伐。
1999—2000年，河南省高校进行了重大调整。1999年成立了3所专科院校。2000年，经教育部批准，5所专科院校升格为本科院校，使本省普通院校本、专科比例趋于合理。该时期也是河南省高等教育全面提升的时期，在“三重建设”、教育教学质量、学位建设与研究生教育、哲学社会科学、国家助学贷款等方面都取得了巨大成就。
2000年，合并组建新的郑州大学和河南大学，两校又分别于2004年、2008年实现了省部共建。“十五”期间，教育部和省政府投入专项资金2.6亿元，用于郑州大学“211工程”二期建设。 2003年，郑州大学化学系教授吴养洁当选为中国科学院院士，实现了河南省本土培养院士零的突破。2005年，在全国第十批学位点评审中，郑州大学新增一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个。
2001年以来，河南省继续实施省重点学科建设项目，相继启动第五批（2001-2003年）、第六批（2004-2006年）、第七批（2008-2010年）省重点学科建设。依托重点学科，相继建成了一批高水平研究基地与平台。2003-2005年，河南省启动了第二批8个重点学科开放实验室建设，2007-2009年建设了第三批10个重点学科开放实验室。通过优化专业设置、加强课程建设、推进教学改革、创新实验实习、完善教学评估、建设示范性高等职业院校和高校本科教学质量与教学改革工程等措施大大提高了教学质量。
2002年以来，全省学位建设与研究生教育事业发展迅速，2008年全省研究生招生规模为8530人，在学研究生达到2.5万余人。五年来，河南省研究生招生规模的年均增长速度超过全国的平均水平。
2004年以来，河南省紧紧抓住繁荣发展高校哲学社会科学的有利时机，以基地建设为重点，以人才培养为龙头，以规范管理为抓手，扎扎实实推动高校哲学社会科学工作，提升了河南省高校承担重大科研项目的能力，带动了高校人文社会科学研究整体水平的提高，为繁荣发展哲学社会科学事业做出了贡献。
全省高校按照科学发展观的要求，坚持“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”方针，认真落实“科教兴豫”“人才强省”战略，抢抓“中部崛起”战略机遇，紧紧围绕全面建设小康社会、奋力实现中原崛起的目标，不断深化科技体制改革，加强科研基础条件平台建设和创新人才培养，通过承担重大科技任务和服务社会等手段使河南省高校科技创新能力显著增强。
1999-2008年间，特别是2004年以来，河南省高等教育得到了跨越式发展，高等教育质量有了很大提升，“三重建设”取得重大成效，科技创新能力显著增强，各项工作都取得了很好的成效。高等教育的发展为投资政策的制定提供了现实依据，以“政府投资为主，多渠道筹集资金”的投资体制基本确立。
