1999年召开的全国教育工作会议上提出“积极发展高等教育，扩大招生规模”以后，中国高等教育开始超常规发展。该时期河南省高等教育投资政策所要解决的问题主要是伴随着扩招带来的一系列投入及相关问题：随着规模扩大带来的经费不足问题，随着收费制度的全面实施带来的家庭困难学生资助问题，随着大量利用银行贷款带来的高校债务问题，随着大量资金投入带来的经费使用效益问题等。
扩招以后经费不足问题是河南省高等教育面临的关键问题，省委、省政府高度重视，采取多种措施、多种途径筹措高等教育经费。2004年，省委、省政府下发了《关于加快高等教育改革与发展的意见》，指出进一步加大政府对高等教育的投入，并通过多种途径筹措高等教育经费。总体来看，该时期河南省高等教育总投资规模迅猛增加。1999年河南省高等教育总投资规模为19.88亿元，2008年高等教育总投资达到120.83亿元，是1999年的6.08倍。因为在政府财政投资、学生收费、学校融资方面相关政策比较明确，所以上述三项政策效果比较明显。财政投资由1999年的12.39亿元增加到2008年的54.01亿元，是1999年的4.36倍；学生收费由1999年的6.49亿元增加到2008年的58.9亿元，是1999年的9.08倍；学校融资每年均在10亿～20亿元左右。但由于学校创收和社会捐赠的相关政策滞后，所以该时期高校创收和接受社会捐赠情况并不理想，2008年，学校创收仅7.3亿元，占高等教育投资总额的5.56%；社会捐赠仅433.9万元，占高等教育投资总额的0.03%。问卷调查的结果也佐证了这种情况，在对高校的调查中，“通过产学研合作等途径获得的创收占学校总收入的比例”一题，选择“10%以下”的占93.6%，“贵校每年接受社会捐赠占学校总收入的比例”一题，选择“几乎没有”的占74.1%。由此说明学校创收和社会捐赠的相关政策实施情况不佳。
该时期，学生资助政策进入快速发展阶段，各类资助政策频繁出台，资助覆盖面迅速扩大，逐步建立了以国家助学贷款和国家奖助学金为主体，勤工助学、特殊困难补助、学费减免、毕业生学费补偿贷款代偿等多种资助措施并举的高校学生资助政策体系。尤其是助学贷款的“河南模式”在实践中成效显著，并得到了社会、家庭（学生）、银行等多方面的认可。2007-2008学年度，全省用于高校和中等职业学校的资助资金达到28.1亿元，受资助的家庭经济困难学生达249万人次，其中高校资助82万人次，家庭经济困难学生均得到了有效的资助。[1]
利用信贷资金加快发展高等教育事业是扩招后各高校筹集经费的主要渠道。这是特殊发展时期的特殊筹资政策，是借后人的钱办现在急需的事情。这种筹资方式筹措的投资要靠其他四种渠道筹集的钱还账，因此，给各学校带来了很大的贷款偿还及信用风险。河南省通过制定《河南省高等学校利用信贷资金项目实施管理办法》等文件，转发教育部、财政部《关于进一步完善高等学校经济责任制加强银行贷款管理切实防范财务风险的意见》等文件，采取建立大额贷款备案制度、预警提示制度、专项检查制度，加大宏观监控力度，适度调控高校贷款的步伐。通过政府部分贴息、高校老校区土地置换等途径积极化解高校债务。截至2008年第3季度末，河南省属47所高校贷款余额约141亿元，校均贷款余额在3亿元以内，均在各校贷款风险线以内，有效地规避了高校债务风险给高等教育事业发展带来的危害。
在20世纪90年代以后，为提高教育经费的使用效益，使得有限的教育投入能够在某些重点领域实现突破，中央政府开启了一些大型的高等教育专项资金项目，如“211工程”和“985工程”。河南省委、省政府在2004年下发的《关于加快高等教育改革与发展的意见》，也提出了增加财政专项资金，支持重点学校、重点学科和重点实验室的建设，支持“人才强校工程”的实施。经过几年实施，取得了显著效果。郑州大学、河南大学分别于2004年、2008年实现了省部共建。“十五”期间，教育部和省政府投入专项资金2.6亿元，用于郑州大学“211工程”二期建设，使学校整体办学水平明显提高。并启动了三批省重点学科、两批省重点实验室建设，使省重点学科、省重点实验室逐渐成为河南省高校中具有骨干示范作用的教学、科研和社会服务的重要基地。
从政策目标群体对政策的认同度来看，第一，多元化筹资渠道的完善，减轻了政府在高等教育急剧扩张时期面临的巨大财政压力，使政府投入高等教育的总资源比例可以减少，政府便可以将更多资源向基础教育倾斜，对河南省这样一个人口多、底子薄的教育人口大省来说，这一点尤为重要。第二，多元化筹资适应了我国及河南省高等教育急速发展的需要，聚集了巨大财力，支撑起我国仅用了不到10年的时间，就实现了许多国家和地区用了几十年才实现的高等教育由精英化阶段向大众化阶段的历史性跨越，为更多的适龄人口提供了接受高等教育的机会，为社会发展提供了更加有力的人才支撑和智力支持。第三，多元化筹资渠道的确立，为社会资金进入教育领域提供了法律和制度支持，有利于社会财富向高等教育领域的转移，有利于促进民办高等教育的发展。第四，在收取学费的同时，学生资助体系逐步完善，确保贫困家庭的子女不因经济原因而被排除在高等教育系统之外，有力地保障了高等教育的机会公平和过程公平。因此，该时期的高等教育投资政策在相关政策目标群体中的认同度较高。但是，随着毕业生数量的急剧增加，就业难成为该时期高等教育面临的一个突出问题。当家庭和个人支付了大量的学费、生活费等直接成本和因上学而失去的其他间接成本后，难以找到工作或者工作岗位与就业预期差距过大，他们不可避免地会对接受高等教育的成本收益进行衡量与比较，从而导致“读书无用论”重新抬头，也给学校的学费收缴和贷款学生的毕业还贷带来了一定的负面影响。
