1986年10月国家教委和财政部联合发布《高等学校财务管理改革实施办法》，高校的拨款方式开始实行“综合定额加专项补助”，综合定额是根据上年度生均成本费和本年度在校生规模（包括本年度计划招生数）核定的，专项补助是根据学校特殊需要经申请，由主管部门批准后拨给。这种方法体现了“学校将在获得政府公共教育支出上的平等”，注意到成本概念，同时给学校发展留有一定的自主空间。1988年国家教委颁布的《关于加强普通教育经费管理的若干规定》中，又提出“各地用于教育事业的专项补助费”要“专款专用”，“加强对预算外资金的管理。所有预算外资金，必须专户储存，统一由财务部门进行管理，不准将预算内资金转为预算外，也不准把预算外支出计入预算内开支”。
4.进一步实施重点建设
作为政策单一——微调时期的延续，在国民经济和社会发展的第七个五年计划（1985-1990年）和第八个五年计划（1990-1995年）中，被列入国家重点建设项目的高校得到了更多的投资。1985年《决定》提出在进行重点高校建设的同时还要进行重点学科建设。从1987年开始，教育部开始评审重点学科，之后对重点学科进行了重点支持。
1991年，李铁映同志提出面向21世纪办好我国100所重点大学的初步设想，即“211工程”。1992年教育部成立了“211工程”办公室，并在当年全国普通高等教育工作会议上公布了这一计划。
1993年1月国务院批转的国家教委《关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》中指出，要“充分发挥各地区的积极性，因地制宜，合理布局，优化结构。在国家统筹规划指导下，省、自治区、直辖市人民政府根据实际情况分别确定各自的发展目标和重点，并注意地区间的合作互补。有条件的省、自治区、直辖市和国务院的有关部门着重办好一两所代表本地区、本行业先进水平的高等学校和学科、专业，中央和地方两级教育部门，要采取适当的特殊政策，进一步扩大这些学校的办学自主权。”
（二）学生收费政策（含资助政策）
