1993年《纲要》规定了各级政府、社会各方面和个人都要努力增加对教育的投入，明确提出要提高非义务教育阶段学生的学费标准。1994年7月国务院关于《纲要》的实施意见宣布，“积极推进高等学校的招生收费改革和毕业生就业制度的改革，逐步实行学生缴费上学，大多数毕业生自主择业的制度。”为贯彻落实国家关于抑制通货膨胀、稳定物价的决定，保证学校教学工作和生活的正常秩序，1994年9月国家教委下发《关于进一步做好学校收费工作的通知》，希望教育行政主管部门支持学校对于社会向学校的各种乱摊派予以抵制，严格按规定审批权限确定学校收费项目和标准。1994年9月国家计委、国家教委下发《关于调整普通高等院校学杂费问题的通知》，同意在37所高校实行招生、收费制度改革试点，实行“公费”和“自费”招生并轨，并规定“今后国家教委和中央各部门所属院校调整学杂费标准，年内调整幅度超过8%的，由其主管部门核报国家计委审批；调整幅度不超过8%的，由其主管部门批准，报国家计委备案。地方院校学杂费监审办法按省（自治区、直辖市）人民政府的规定执行”，强调各高校必须健全和完善奖、助、贷等学生资助政策措施，各级物价监督检查机构加强对高校收费的监督检查。1996年12月国家教委、国家计委、财政部联合下发《高等学校收费管理暂行办法》，对我国境内由国家及企业、事业组织举办的全日制普通高校的行政事业性收费管理进行了规定，规定“学费标准根据年生均教育培养成本的一定比例确定。不同地区、不同专业、不同层次学校的学费收费标准可以有所区别。学费占年生均教育培养成本的比例和标准由国家教委、国家计委、财政部共同做出原则规定。国家规定范围之内的学费标准审批权限在省级人民政府。”1997年招生收费制度在全国高校并轨完成，所有新生都实行缴费上学制度。国家教委、财政部要求，收费标准不能超过生均培养成本的25%。
在学生资助方面，1993年7月国家教委、财政部下发《关于对高等学校生活特别困难学生进行资助的通知》，要求“各高校从‘奖贷基金’或‘专业奖学金’总额中，按每人每月2元标准提取的困难补助经费，必须首先集中用于补助特困生，标准可参照学校所在地所需的最基本的学习、生活费用标准，由学校研究确定”，并提出“为解决边远少数民族地区学生的困难问题，从1993年9月1日起，提高民族专业奖学金标准”，“要组织学生，特别是‘特困生’参加勤工俭学，对生活特别困难的学生，各高校可根据困难程度减免其学杂费。”1993年8月国家教委、财政部通知修改《普通高等学校本、专科学生实行贷款制度的办法》的部分条款，将原来规定的“每人每年申请贷款额最高不得超过300元，少数学生在获得奖学金后，如生活仍有困难的，可以申请贷款，但申请的贷款和获得的奖学金两项之和全年应控制在350元以内”，修改为“学生每人每年申请贷款最高数额，由学校根据当地居民基本生活水平或本校学生学习、生活费用的基本需要研究确定。学生在获得奖学金后如生活仍有困难，可以申请贷款。其申请贷款的数额，由学校在贷款和获得奖学金的两项之和能够保证学生在校期间学习、生活费用基本需要以内掌握”；将原来规定的“发放学生贷款，按最高限额每人每年300元计算，应从严控制在本、专科学生人数的30%以内。由于各院校情况有所不同，对少数院校确需超过规定的贷款面时，应报教育主管部门和同级财政部门批准，但最高不得超过35%”，修改为“享受贷款的学生比例，由学校根据本校本、专科学生中经济特别困难的学生数，在规定的贷款经费总额内确定。”
