《纲要》提出要改革对高校的财政拨款机制，充分发挥拨款手段的宏观调控作用。对不同层次和科类的学校，拨款标准和拨款方法应有所区别。改革按学生人数拨款的办法，逐步实行基金制。在国家和地方预算下达的教育经费之外，学校可以依法筹集资金。1994年国家进行财税制度改革，建立分税制财政体制。中央的调控力度加大，政府逐步调整公共财政“越位”和“缺位”的问题。1995年，对国家教委所属高校实行教育经费“基金制”拨款方式试点，由于实行基金制要配套成立相应的评估机构，条件尚不成熟。虽然该方案一直处于待定之中，但在有些学者专家看来，这是既有利于国家宏观指导，又有利于促使学校成为面向社会自主办学法人实体的财政拨款方式。1997年，在全国住宅建设新机制的带动下，兴建教师住房成为政府改善教育环境的举措，政府拿出更多的专项资金用于高校改善青年教师住房。这一工程共改建教师住房404万平方米，全国投资37.8亿元（其中中央投入专项资金21.5亿元）。过去高校基建主要依靠政府的计划基建投资，“**”十年中，高校校舍不但没有新建，还被其他单位挤占。尽管1978年后投资建设了一些，但规模仍然不能满足发展的需求。通过政府政策的放松，容许学校自筹经费后，在资本市场逐步形成的条件下，学校自筹经费建设的校舍开始超过政府拨款建造的校舍数量。界定高校、政府、社会权利与义务的《高等教育法》出台后，高校基建限制性投资的规定被取消，教师自由流动与聘用制度更加趋向市场机制。
4.进一步规范和完善高校财务制度，提高资金使用效益
1994年《预算法》颁布后，高校财务制度进一步规范。1997年1月财政部、国家教委印发了《高等学校财务制度》，其中规定高校财务管理的基本原则是贯彻执行国家有关法律、法规和财务规章制度；坚持勤俭办学的方针；正确处理事业发展需要和资金供给的关系，社会效益和经济效益的关系，国家、集体和个人三者利益的关系；高校财务管理的主要任务是：依法多渠道筹集事业资金；合理编制学校预算，并对预算执行过程进行控制和管理；科学配置学校资源，努力节约支出，提高资金使用效益；加强资产管理，防止国有资产流失；建立健全财务规章制度，规范校内经济秩序；如实反映学校财务状况；对学校经济活动的合法性、合理性进行监督；高校实行“统一领导、集中管理”的财务管理体制；规模较大的学校实行“统一领导、分级管理”的财务管理体制；高校财务工作实行校（院）长负责制，总会计师协助校（院）长全面领导学校的财务工作；高校预算由学校财务处（室）根据各单位收支计划，提出预算建议方案，经学校最高财务决策机构审议通过后，按照国家预算支出分类和管理权限分别上报各有关主管部门，审核汇总报财政部门核定预算控制数（一级预算单位直接报财政部门，下同）；高校根据预算控制数编制预算，由各有关主管部门汇总报财政部门审核批复后执行；校级预算和所属各级预算必须各自平衡，不得编制赤字预算；全部收入必须全部纳入学校预算，统一管理，统一核算等。
5.加大重点建设力度和范围
