（一）如何在保证经济快速增长的同时，使教育得到优先发展的问题
1992年召开的中共十四大明确提出“必须把教育摆在优先发展的战略地位，努力提高全民族的思想道德和科学文化水平，这是实现我国现代化的根本大计”。为了实现党的十四大所确定的战略任务，指导20世纪90年代乃至21世纪初教育的改革和发展，1993年中共中央、国务院颁布《中国教育改革和发展纲要》，首次提出我国财政性教育经费占国民生产总值的比例到20世纪末达到4%的要求。1995年5月，江泽民同志在全国科技大会上的讲话中提出了实施“科教兴国”的战略，确立科技和教育是兴国的手段和基础的方针。这个方针提高了全社会对科技和教育重要性的认识。那么1993年分税制改革后形成的财税制度如何支撑起教育的优先发展呢？如何在新型的财税框架下让地方承担起相应的高等教育投资责任呢？如何在中央将权力下放给省级政府之后还能有效保证高等教育投资的效率和公平目标的实现呢？这些都是确保使教育得到优先发展切实需要解决的问题。
（二）拓宽筹资渠道问题
一方面经济社会对人才的需求加大，另一方面发展高等教育又受到经费投入的制约。在这种背景下，怎样筹措更多的高等教育投资成为首要课题。因此，在不断增加财政投入的同时，如何多渠道筹资成为一个重要的政策目标。
（三）规范问题
从社会经济大背景来看，1993年以后是国家市场经济建设的发展期，开始注重用法律法规的形式保障经济改革的成果。从高等教育发展情况来看，高等教育投资规模已经有了很大提高，高校办学条件有了不同程度的改善，学校各种仪器设备拥有量大幅度增加，有些大学已经拥有上亿元的资产。在实行收费制度后，一些地区、部门和高校自行规定了一些收费项目，标准各异，互相攀比，引起的社会反响较大。国家在扩大大学自主权的同时，又要加快体制改革和加强宏观管理，要通过法律法规建立起与社会主义市场经济体制、政治体制和科技体制改革相适应的高等教育新体制，进一步健全多渠道筹措教育经费、保障教育经费稳步增长的机制。这一时期具有里程碑意义的法规文件有：1993年中共中央、国务院颁布的《中国教育改革和发展纲要》，1995年颁布的《中华人民共和国教育法》、《高等教育法》等。
（四）公平问题
自高等教育实行收费制度以来，高校普遍存在着一些生活特别困难的学生，简称“特困生”。他们大部分来自农村和边远贫困地区，家庭经济困难。随着国家对粮油等物资价格的放开和物价上涨，他们的学习和生活更加困难。虽然这些“特困生”为数不多，但对社会的影响很大，必须对他们予以足够的重视和关心，“采取必要的措施切实解决这一问题，这是深化教育体制改革和保持学校稳定的重要一环”[1]。使对贫困学生的资助政策走向经常化、规范化，增强资助的有效性，成为一系列相关政策的主要目标。
在这一时期，当改革与旧有体制发生冲突时，有时会以制度双轨制的形式出现，比如1993-1997年期间实行的两种招生模式并存的情形；有时会以规范市场的姿态但本质上遵循的是计划经济下的行政性手段，比如行政性审批；有时改革导致高度集中的统一管理模式重现，比如重点学校工程建设，大多是以国家项目招标方式，但在实际操作中又受制于方方面面的行政性管制。因此，高等教育投资政策多样——转型时期的资源配置优化过程会同时遭遇两种不同方向改革的拉锯战。
