这一时期，以1985年中央颁布的《关于教育体制改革的决定》为标志，教育事业进入了全面改革的快车道，高等教育投资政策也有较大的变化，突出表现在以下几个方面。
——实行了“三级办学、两级管理”的管理体制。高校实行中央、省、中心城市三级办学体制，由中央和省两级管理，这既有利于调动各级政府办学的积极性，又有利于政策的落实。
——明确了“两个增长”的投资要求。《关于教育体制改革的决定》明确要求，中央和地方政府教育投资的增长要高于财政经常性收入的增长，并按在校学生人数平均的教育费用逐步增长，进一步明确了各级政府发展高等教育的责任。
——改革了对高校的拨款方式。改“基数加发展”的平均分配的经费拨款方式为“综合定额加专项补助”方式，调动了高校招生的积极性。
——实现了招生形式的多样化。允许招收委培生、自费生。这一方面使高校的专业设置和招生数量更好地满足了国家、社会、企业的需要，另一方面也增加了学校的收入，增强了学校的发展动力。
——实施了学生收费与助学金改革。在进行委培生、自费生多年试点的基础上，20世纪80年代末，全国普通高校计划内学生普遍开始交纳学杂费和住宿费，尽管标准很低，学杂费每生每年100元，住宿费每生每年20元，但其标志性的意义却很强。这预示着中华人民共和国成立以后免费上大学时代的结束。为了避免家庭困难学生因缴不起学费而辍学，国家同时进行了助学金的全面改革，实行奖学金、助学金、贷学金制度。
——社会捐赠开始出现。但主要是由境外人士和港澳爱国人士对高校进行捐助。
[1] 康宁.中国经济转型中高等教育资源配置的制度创新[M].北京：教育科学出版社，2005：137.
[2] 国务院批转国家教委关于加快改革和积极发展普通高等教育意见的通知[Z].北京，1993.
