在慕课迅猛发展的两年多里，这些网上课程如何进行评价和考核也成为大家质疑和担忧的问题。如何设置考核标准？如何保证线上考核的真实性？实践性强的课程如何验证？等等。其中，最难以解决的一个问题就是，人文类课程如何通过学习后加以评估。
（一）人文学科的本质注定难以评估
人文学科与理工学科不同，那些实用、功利的量化考核标准并不适于人文学科。对于单个人来讲，科研课题的承担、科研经费以及论文发表的多少并不能直接评估该人对人文学科所带来的影响。因此，由理工学科照搬过来的人文学科的评估机制近些年来一直被诟病。人文学科的研究和品评有其特有的规律，这在科学研究领域素有公论。人文学科是思考人生和社会问题的，其人才除了必须具备比较宽广扎实的专业知识基础外，还必须对人生和社会有比较深刻的观察、体验和思考。因此，直接借用理工学科的评估标准是不妥当的。
人文学科是以社会现象为研究对象的，本质上研究的是一个价值世界。对人文学科而言，“创新”远远胜于“规范”。创新需要自由的学术氛围和宽容的社会氛围，而实用、功利的量化评估规则限制了人文学科的发展，僵硬、单一的价值尺度限制了学术自由的土壤。因此，人文学科更需要的是一种宽松、灵活、具有成长空间的价值框架来对其进行评估。
另外，人文学科的发展积累性比较强，只是更新的速度比较慢。因此，对于人文学科的考评，需要更长的时间才得以形成定论。在这样的情境下，短期的价值评估体系则助长了急功近利的行为，对人文学科的发展产生阻碍。
并非说人文学科的发展不需要遵循一定的规范化和标准化的要求，而是照搬理工学科的评估机制存在问题，但现有的研究又无法设计出更好的评估体系。凡事物极必反，过度追求规范，会以牺牲大师、妨碍人文学科精品的诞生为代价，曾有人将一位著名文学教授的科研成果填入现在同行的考核体系中，发现他只能被评为“中等偏下”。因此，想要恰当地对人文学科的成果等进行评估是件极不容易的事情。
（二）慕课中好学不好考的人文课程
席卷全球的慕课风暴推动着教学模式的改革，人文学科的教学也不可避免地受到了慕课的影响。人文学科本身的评估就存在困难，在全球慕课背景下，这个问题也被放大了。对于化学、数学等学科，因学科的标准确定并且较高，平时的教学难度较大但考核较易，因其量化标准清晰明确，根据评估机制就能够相对准确得到结论，也可以根据此规则对那些学科结果的完成程度进行评价。然而，人文学科则相反，因为人文学科本身就是讨论世界和人生问题的，并没有统一确定的标准答案，因此在教学中人文学科的课程比较容易吸引学生来学习，但对于教师来讲，讲完之后的考核也因此变得有难度。
人文学科需要积累，但因为难以考核，现有的评估体系常常以某一次的考试成绩作为评价结果。因此，在传统高校，一些学生平时放松，最后几节课听教师画个重点，考前将这些内容背得滚瓜烂熟，就可以考出个好成绩，甚至要远高于那些老老实实听课的学生。然而，在慕课时代，对电脑前的学生，更是难以评估其平时上课的效果。那些网络课程的附庸者、缺乏灵活性而只懂得跟随授课者的学生们就可能得到高分，而那些真正学习且有自己见解的学生因为考试失败而使得慕课显失公平。因此，在慕课下，人文学科评价的难度变大了。
（三）Coursera同窗互评的缺陷
