由于政策法规不健全，民办高等教育在快速发展过程中也出现了许多问题，乱象丛生。一些民办高校在招生、管理、教学等方面非常混乱，有些地方的民办高校相继发生因学籍、学历、收费等问题导致的群体性事件，反映出民办高校长期积累的深层次矛盾，切实加强对民办高校的规范管理迫在眉睫。对此，2006年12月，国务院办公厅发布《关于加强民办高校规范管理 引导民办高等教育健康发展的通知》，通知指出一些民办高等学校存在“办学指导思想不端正，内部管理体制不健全，法人财产权不落实，办学行为不规范，也反映了一些地方政府对民办高校疏于管理、监管不到位”等问题，要求各部门和各民办高校依法规范办学行为和内部管理，落实有关扶持政策，加强规范管理的引导。
2007年2月，教育部发布《民办高等学校办学管理若干规定》，再次明确国家对民办高等教育“积极鼓励、大力支持、正确引导、依法管理”的总体方针，并对民办高校的建立程序、办学地点、党团组织、校长任免、专业设置、招生资格、教师配置、资产保护、财务制度、举办者义务以及地方政府对民办高校的管理职责等作出进一步的规定，规范民办高等教育的发展。
2008年2月，教育部发布《独立学院设置与管理办法》，这是关于独立学院发展最正式、最详细、最规范的文件之一，对其设立、组织与活动、管理与监督、变更与终止、法律责任等作出了明确规定。该文件坚持了对独立学院“积极支持、规范管理、改革创新”的指导思想，充分体现了独立学院的“民”“独”“优”原则，即更加强调优质教育资源参与举办独立学院，提高独立学院办学水平和教育质量；更加强调独立学院在法律和制度上的独立地位；进一步明确独立学院的民办属性，促进独立学院在运行机制和管理体制上改革创新。国家对已设独立学院给予了5年的过渡期，并明确了相关政策：“基本符合《独立学院设置与管理办法》要求的，由省级教育行政部门向教育部提出考察验收申请，教育部组织考察验收，并对考察验收合格的独立学院核发办学许可证。符合普通本科高等学校设置标准的，可申请转设民办高等学校，颁发民办教育办学许可证。既不申请考察验收，也不申请转设民办高等学校的，可继续教育教学活动，但必须按照《独立学院设置与管理办法》的要求，规范体制机制，充实办学条件，在保证教育质量的前提下，有序地做好报请验收或申请转设工作，过渡期结束后，严格按照《独立学院设置与管理办法》的要求办理。”
2012年6月，教育部发布《关于鼓励和引导民间资金进入教育领域 促进民办教育健康发展的实施意见》，提出“积极支持有特色、高水平、高质量民办高校发展”“民办高校申请学士、硕士和博士学位授予权的，按与公办高校相同的程序和要求进行审批”，并要求进一步落实民办高校的办学自主权、招生自主权，保护民办高校师生权益。
在政府不断完善政策规范民办高等教育发展的背景下，各省市相继查处了一批违规招生和办学的民办高等学校与机构。与此同时，一批优质民办高校也随着国家政策的完善而不断提升办学水平。2011年10月，经过激烈的地方公、民办高校竞争，包括北京城市学院、吉林华桥外国语学院、黑龙江东方学院、陕西西京学院、河北传媒学院在内的5所民办高校正式获得2012年度研究生招生资格。这是中华人民共和国成立以来，我国民办高校首次获得研究生教育资格，实现了中国民办高校跻身研究型人才培养队伍的历史性突破。
这一时期，独立学院转设是民办高等教育发展的另一重要趋势。《独立学院设置与管理办法》为独立学院的发展划定了若干基本路径，包括通过考察验收后继续存在、向民办高校转设或合并、回归公办高校，并限定了5年的过渡期。截至2016年，共有61所独立学院成功转设成普通民办本科，约占独立学院总数的1/5，其中2016年转设了9所。独立学院转设是一次重大的利益调整，涉及公办高校、投资企业、政府部门、师生员工等利益相关者的切身利益诉求，各方意见不一、立场不一、认识不一，因此形成了多方博弈的格局。
2016年以来的系列民办教育政策文件要求实行分类管理，预示着我国的民办高等教育即将进入内涵式发展的新时期。
