2003年9月1日，《民办教育促进法》开始施行，标志着我国民办高等教育进入了规范发展期。这一阶段，国家不断出台政策，规范民办高等教育的发展。
独立学院作为民办高等教育的一种新型办学模式，是高等教育办学体制改革的产物，在快速发展的过程中，也出现了乱发文凭、产权不清、质量低下、双轨收费、管理混乱、违规招生等众多问题。为此，教育部于2003年颁布《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，要求坚决落实“民”“独”“优”三项原则，“民”就是民办机制，必须按民办机制运行，不能走“民不民、公不公”的路子。教育部对这一条的态度十分明确，无论是省级教育行政部门还是申办高校，都不要试图走混合型的路子；“独”就是要真正做到独立办学、独立招生、独立发放文凭、独立财务核算、独立法人；“优”就是办优质本科。[2]2003年8月下发《教育部关于对各地批准试办的独立学院进行检查清理和重新报批工作的通知》，对全国360多所民办二级学院的“校中校”、以二级学院名义实行“双轨收费”、产权不明晰、民办机制不健全、不独立发文凭等办学失范行为进行了清理整顿，取消了100多所，重新备案最终确认了249所独立学院。2004年7月，经教育部审核，在全国范围内确认了233所独立学院，基本做到了“独立”：具有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格，能独立承担民事责任。
独立学院中既有国有资本、集体资本，又有民营资本、国外资本，办学模式多种多样。依据投资渠道与合作方式的不同，独立学院办学模式可分为以下五大类型。[3]
一是公办高校与民营资本合作。例如，南京理工大学紫金学院由南京理工大学与中国大森鞋业有限公司等三家民营企业联合举办。母体高校负责教育教学，推荐院长人选，拥有学院净收益30%的分配权；企业负责提供建设发展所需经费，推荐董事长人选，拥有学院净收益70%的分配权。
二是公办高校与地方政府（或国有资本）合作。例如，南京理工大学泰州科技学院由泰州高教园区建设发展公司出资举办，母体高校每年收取学费的12%作为管理费，国企收取学费的28%作为回报。
三是公办高校与国有资本、民营资本合作。例如，同济大学浙江学院在创办中，民企以资金投入占股55%，国企以土地和资金投入占股45%，公办高校不占股。吉林大学珠海学院等独立学院在运行中也采用该模式。
四是公办高校与非营利性组织合作。如江苏省25所独立学院中有南京大学金陵学院等10余所属于本类型。
五是公办高校与外资合作。例如，广东海洋大学寸金学院由泰国华人青年商会副会长李敏创办的湛江寸金教育集团投资举办；华侨大学福建音乐学院由爱国华侨、国际著名音乐家蔡继琨兴办，向海外爱国华侨华裔集资；福建师范大学闽南科技学院由菲律宾爱国华侨投资举办。
《民办教育促进法实施条例》（2004年）规定实施高等学历教育的民办学校符合学位授予条件的，依照有关法律、行政法规的规定经审批同意后，可以获得相应的学位授予资格；招收接受高等学历教育的学生应当遵守国家有关规定。2004年6月，教育部发布《关于取消高等教育学历文凭考试的通知》，要求自2005年起，所有进行文凭考试试点的民办教育机构，一律终止招收文凭考试学生。学历文凭考试的取消使将近1/3的民办高校必须寻找新的出路：或者努力成为具有颁发学历资格的学校，或者回到依附自学考试的老路，或者倒闭。
