在社保缴纳体系上，公办学校教师和民办学校教师的“双轨制”社会保险始终是困扰民办教育发展的“老大难”问题。目前，我国社会保险主要有五大险种：养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。养老保险是社会保险体系中最重要的险种，最能引起社会关注。从现有资料分析看，民办学校教师最关注退休后的养老金问题。目前，公办学校教师属事业编制，缴纳事业单位养老保险，民办学校教师则属于或等同于企业员工，购买的是企业社会保险，比公办学校教师缴费高且退休后领取工资差别很大。那么，公办学校教师缴纳的养老保险和民办学校教师缴纳的养老保险到底有哪些差别呢？有分析认为，按照新法修订前的政策，“民办学校登记为民办非企业单位后，其教师按照企业的标准参加社会保险，与同级同类公办学校教师相比，退休后的收入相差一倍以上”。这个观点也得到了民办教育研究学者的赞同。有研究者认为，“民办高校教师如果参加企业养老保险，企业职工缴纳的基本养老保险标准是上年度职工个人平均工资，个人缴纳标准是平均工资的8%，企业为职工缴纳职工平均工资的20%，参保缴费满20年后退休，养老金仅仅能拿到其退休前工资的36%，即使缴纳满30年后再退休，养老金也只能拿到其退休前工资的44%。但是，民办高校教师如果参照同级同类公办高校教师参加事业单位养老保险，同为20年后退休，养老金便能拿到其退休前工资的70%以上，若是缴纳30年后退休，几乎可以拿到退休前工资的100%。因此，从比较中可以看出，公办学校、民办学校两种不同的养老保险参保体系，教师退休后的养老金领取额相差一倍以上”[5]。
（三）职称评聘不畅，专业发展受限
由于历史和发展的客观原因，多数民办学校自有专任教师学历和职称严重偏低，中高级职称比例较少，教师专业发展空间严重受限。
与公办学校教师相比，民办学校教师在职称职务评聘、表彰奖励、科研项目申请、交流培训等方面，存在渠道不畅或者受到明显歧视的情况，尤其是民办学校校长及教师培训机会较少。很多民办学校的校长及教师获得培训的机会较少，教师专业知识和教学理念得不到及时更新，学校管理及教学水平跟不上社会发展的需求，在很大程度上限制了民办学校的发展。教师培养培训、科研项目申请、交流访学等专业发展过程是民办学校教师职称评聘的基础，没有这些辅助教师专业发展的条件，职称评聘就无法实现。现实中针对民办学校教师专业发展的歧视性做法时有发生。[6]
根据相关研究者对上海市19所民办高校教师的调查，有31.5%的民办本科高校教师和47.1%的民办专科高校教师没有承担任何科研项目；40.2%的民办本科高校教师和50.7%的民办专科高校教师没有发表过论文，只有4.3%的民办本专科高校教师发表过3篇以上论文；43.5%的民办本科高校教师和58.0%的民办专科高校教师没有参加过任何学术交流活动，71.5%的民办专科高校教师没有参加或只参加过一次培训。[7]由此可见，在承担科研项目机会少、发表论文数量少、参加学术活动和培训次数少的情况下，民办学校教师的职称评聘权在客观上是很难实现的。因此，民办学校教师在职称评审方面与公办学校教师条件同等，实质上是造成了新的不平等。从政策结果看，相对于公办学校教师，民办学校教师职称评聘难度更大。
