2015年12月全国人大常委会对《教育法》《高等教育法》进行了修订，2016年11月又表决通过了关于修改《民办教育促进法》的决定，此次修法的一个重要内容在于对民办教育实行营利性与非营利性分类管理。随后国家出台的一系列制度文件，构建了民办教育分类管理框架，从法律上破解了困扰民办教育发展的学校法人属性不清、财产归属不明、支持措施难以落实等瓶颈问题，也为民办学校规范内部治理结构奠定了法治基础，为实现良善治理提供了更多可能。
新《民办教育促进法》明确规定举办者根据学校章程规定的权限和程序参与学校的办学和管理；进一步健全民办学校治理机制，规定民办学校应当设立理事会、董事会或者其他形式的决策机构并建立相应的监督机制；学校理事会或者董事会由举办者或者其代表、校长、教职工代表等人员组成，其中三分之一以上的理事或者董事应当具有五年以上教育教学经验；教育行政部门及有关部门依法对民办学校实行督导，建立民办学校信息公示和信用档案制度，促进提高办学质量；组织或者委托社会中介组织评估办学水平和教育质量，并将评估结果向社会公布。
《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）对完善学校法人治理提出了具体的要求。一是民办学校要依法制定章程，按照章程管理学校。二是健全董事会（理事会）和监事（会）制度，明确董事会（理事会）和监事（会）成员组成要求，董事会（理事会）应当优化人员构成，由举办者或者其代表、校长、党组织负责人、教职工代表等共同组成；监事会中应当有党组织领导班子成员；探索实行独立董事（理事）、监事制度；董事会（理事会）和监事（会）成员依据学校章程规定的权限和程序共同参与学校的办学和管理。三是强调健全党组织参与决策制度，积极推进“双向进入、交叉任职”，学校党组织领导班子成员通过法定程序进入学校决策机构和行政管理机构，党员校长、副校长等行政机构成员可按照党的有关规定进入党组织领导班子。四是完善校长选聘机制，依法保障校长行使管理权；民办学校校长应熟悉教育及相关法律法规，具有五年以上教育管理经验和良好办学业绩，个人信用状况良好；学校关键管理岗位实行亲属回避制度。五是要求完善教职工代表大会和学生代表大会制度。
至此，国家法津法规层面关于民办学校内部治理的设计基本成型。在分类管理的新时期，我国民办学校将进一步优化内部治理结构，逐步完善现代学校制度，不断提高内部治理水平。
