完善的法人治理结构是现代学校制度的本质特征之一。实践中，一些民办学校由于法人治理结构不健全、内部管理不规范诱发办学风险甚至导致学校倒闭。[14]一是法人财产权不清晰。实践中不少民办学校法人财产权未落实，办学初期由出资者投入的土地、建筑物等办学资产始终未过户到学校名下，甚至有的将贷款作为个人投入或将办学积累转移到出资人自己名下，致使学校存在严重的法人财产虚置现象。一旦举办者经营不善或资金链断裂，公司收回土地校舍，学校就陷入极其危险的境地，甚至倒闭。二是缺乏严格的法人治理机制。从表面上看，多数民办学校都建立了法人治理机构，实行了董事会领导下的校长负责制。然而实际上，相当一部分学校停留在形式上。诸如：董事长以出资人、投资人的身份行使权力，董事会沦为咨询机构或顾问机构；董事会被家族所垄断，事实上陷入“家族化经营”；董事长和校长的关系不顺，职责分工不明，矛盾冲突不断等。由于缺乏有效的监督机制，导致“家族式”“家长式”管理盛行，学校往往面临严重的办学风险。
新法新政更加强化学校法人治理能力建设。新《民办教育促进法》规定民办学校应当设立理事会、董事会或者其他形式的决策结构并建立相应的监督机制。《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）强调民办学校要完善学校法人治理结构，规范学校在办学条件、办学规模、宣传招生、学籍管理、证书发放等方面的办学行为，落实安全管理责任。这对民办学校治理能力建设提出了新的更高要求。然而任何制度变迁都不是一蹴而就、一帆风顺的。“如果变迁中受损失者得不到补偿（在大多数情况下他们确实得不到补偿），他们将明确地反对这一变迁。”[15]新政实施后，学校治理能力建设成为民办学校完善大学制度建设、提升学校竞争力和社会影响力的关键，也必将对传统“家族式”“家长式”管理方式产生较大冲击和影响，因此，现代民办学校法人治理能力建设本质上将是不同利益主体重新分配权力、财富和收入的利益博弈过程，极易成为诱发各类办学风险的策动源。
（五）财务风险
我国民办学校办学模式多样、投资主体各异，但本质是以投资办学为主的。其资金来源渠道主要依赖于创始人投资、银行贷款和学费收入等。长期以来，由于实质地位的不平等，民办学校难以像公办学校一样在土地、财政、生均拨款等方面享受优惠政策。加之融资渠道不通畅、社会捐赠机制不健全、学费收入不稳定，资金问题成为制约民办教育发展的主要瓶颈。在财务管理方面，实践中相当一部分民办学校财务管理不规范，有的没有专门的机构；有的没有配备具有任职资格的专职财会人员，多由出资者亲属担任；有的资产管理混乱，出资者凭借对学校的控制权，通过各种隐性的方式变相营利。
