如同任何事物都具有两面性一样，任何政策或制度在落实过程中，既可能产生法规政策要求的，契合立法者立法意图或制度设计者设计初衷，具有建设性或积极作用的正向价值，也可能产生立法者或制度设计者无意追求却偏偏可能出现的具有破坏性和消极作用的负效应或反向功能，诸如曾经饱受争议的“合理回报”制度一样。这表明政策本身也具有一定的风险性。分类管理后，在很多方面会打破民办学校固有的利益格局。意味着民办学校长期以非营利法人为假设条件，以捐资办学模式为参照的非对称性的政策管理模式嬗变为营利性与非营利性“分类”“分管”的对称性管理模式；意味着举办者、民办学校、利益相关者之间的权利、义务、责任将由混沌不清变得泾渭分明；意味着“举办者利益优先”的妥协性资源配置方式将逐渐让渡于多元利益主体均衡发展的资源配置方式。[13]特别是围绕分类管理的一些关键性问题，诸如如何确定政策过渡期、如何转为非营利性民办学校、如何进行财务清算、资产确权、剩余财产分配等问题，新《民办教育促进法》规定的都比较粗糙，需要地方教育主管部门和相关部门进一步的制度创新和高度的协同协作。目前全国大多数省（自治区、直辖市）相继出台了本地区民办教育分类管理的配套政策，但整体而言，各地规定不尽平衡，分类扶持优惠力度偏小，部分风险防控措施缺乏操作性。2018年，《民办教育促进法实施条例（修订草案）（送审稿）》已经出台，其中某些政策对部分民办学校影响甚巨。如第七条规定：“公办学校举办或者参与举办非营利性民办学校的，应当经主管部门批准，并不得利用国家财政性经费、不得影响公办学校教学活动，不得以品牌输出方式获得收益。公办学校参与举办的民办学校应当具有法人资格，具有与公办学校相分离的校园、基本教育教学设施和独立的专任教师队伍，实行独立的财务会计制度，独立招生，独立颁发学业证书。”该条对长期以来饱受各界争议的独立学院影响较大，如何防控对独立学院带来的各类风险，涉及新旧政策的冲突调适、平稳过渡以及各方主体的利益平衡等诸多难题，从目前来看，各地法规和政策制定和落实的情况并不乐观，准备并不充分。因此，如何科学制定地方民办教育发展的配套政策，保证政策落实落地，避免因各方利益纠缠和认知分歧导致国家相关政策“搁浅”“打折”或出现类似资产过户等“制度失灵”或“政策失效”等现象是风险防范的一个重点。
（三）市场风险
一直以来，由于民办教育在社会认知、政策环境、制度支持等方面与公办学校存在实质不平等，导致公办、民办学校在生源市场、就业市场、社会认可等方面存在较大差距，成为制约民办学校发展的主要风险源。新法新政背景下，原本制约民办学校发展的困境问题短期内难以从根本上克服。随着新法新政实施，部分民办学校可能面临更大的生存发展困境。一是少子化与教育国际化趋势加剧民办学校生源竞争，二是日益普遍和低门槛的留学教育对民办学校生源构成了威胁，三是新型多元主体合作办学模式的兴起对传统民办学校构成潜在冲击。按照《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）第九条关于“多元主体合作办学”的相关规定，随着新政实施，政府和社会资本合作（PPP）模式、混合所有制办学模式将大量兴起。营利性民办学校法律地位的确认及其制度瓶颈的突破将进一步促进营利性民办学校的大发展。这些学校可能凭借其雄厚的资金基础、灵活的产权形式、良好的政府关系以及优质多元的教育产品和服务对传统民办学校产生巨大冲击，一部分学校的生存发展环境可能会进一步恶化。
（四）治理风险
