监事会制度是公司法人治理结构中的一项重要制度，构成了公司内部制约机制。在权力配置上，监事会必须与董事会、以校长为主的行政系统、教代会等其他机构实现合理、恰当的平衡，避免畸轻畸重导致权力结构失衡。[16]监事会的成员可以从四个方面产生：一是教育行政机关指派的代表，以便于监控学校办学行为；二是学校教职工代表，以利于维护其合法权益；三是学生或家长代表以及社会公益人士，确保在信息不对称情况下保护受教育者权利；四是股东（非董事非校长股东）的代表，以维护其作为投资者的权利。监事会中应有一半为教职工代表和社会专家（律师或会计师等）代表，以充分发挥监督作用。除此之外，还应发挥纪检、监察、审计等党政系统内部监督机构以及其他多种内外部监督形式的作用，形成内外兼治的合力，强化监督成效。
4.明确校长负责制
校长对于一所学校的建设和发展，发挥着极为重要的作用，而且这种作用往往是学校内其他组织所无法替代的。“校长处于行政管理结构的顶端，他们对下进行指挥、下达命令并负全部责任。”[17]保障校长行政管理权力的依法取得和自主行使，又要明确职权分工与工作规章，构建起校长等民办学校管理人员的激励与约束机制。
第一，建立校长遴选制度，积极推进大学校长职业化。西方发达国家高校校长的选拔，体现出较强的学术性、广泛性和民主性。如美国大学校长的选拔一般需要几个月到一年的时间，董事会制定选拔的程序规范，并成立专门的选拔委员会。[18]第二，建立校长任期制、责任目标制及利益共享制。第三，建立民主集中制，确保校长决策的科学正确。校长必须按照民主集中制的原则办事。凡是涉及教学、科研、学生等重大问题，均需提交校长办公会讨论，并按少数服从多数的原则进行决策。同时要坚持正副校长分工负责制，防止校长专权独断，无法监督，造成重大失误。加强以校长为首的行政管理者队伍专业化建设，如学校管理者的任职条件、职业素养、遴选机制、流动机制、薪酬标准、考核机制以及管理者的权力、动力、能力建设与去行政化问题等。
（三）平衡行政与学术权力，增强专家治学能力
民办学校尤其是民办高校作为学术性组织，客观存在行政权力和学术权力两种权力。两种权力各有特点，彼此区别而又相互补充，构成了民办学校内部权力的二元结构。[19]提高民办学校自主办学能力，也必须发挥专家学者在校务管理中的重要作用。通过设置评议会或教授委员会、学术委员会，明确委员会组成、负责人产生机制、运行规则与监督机制等方面的规则，保障学术组织在学科建设、专业设置、学术评价、学术发展、教学科研计划方案制订、教师队伍建设等方面充分发挥咨询审议、决策作用，维护学术活动的独立性。
（四）引入科学管理方法，提升内部治理现代化水平
