（一）健全外部制度体系，保障自主办学权力
优化民办学校内部治理，需要建立民办学校、政府、市场、社会四位一体的良性互动关系，保障民办学校办学自主权。
1.科学界定政府与学校的权力边界
落实权力清单制度，明晰政府在学校内部治理过程中的职责，改变直接管理学校的单一方式，综合利用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政措施，减少不必要的行政干预，转向宏观管理，尤其是要完善相关法律，立足各级各类学校的差异性与特殊性，适当分类立法，细化相关规定，增强可操作性。在保证学校办学自主权的同时，明确相关主体应该承担的义务及法律责任。
2.健全外部监督机制
建立“政府主导、部门配合、社会参与”的监督机制。政府监督主要侧重于民办学校对法律法规的落实情况以及有无违法行为。具体而言，一是民办学校日常管理工作的规范化监督，即民办学校是否按照其章程规定，建立健全内部管理制度，完善法人治理结构，实行民主管理，推进民主决策；二是监督和查处民办学校未经登记而擅自开展活动，以及抽逃、转移或挪用办学资金、办学结余分配不符合国家有关规定的行为。通过报纸、电视、广播等各种媒体向社会公众介绍监督和举报民办学校不良办学行为的方法途径，发挥群众监督、新闻舆论监督、民主党派监督和社会团体监督等社会监督的作用。
3.引入和遵循市场化原则
民办学校是自筹经费、自负盈亏、面向市场自主办学的法人实体。民办学校在办学过程中更加注重办学效率和经济效益，力求在保证教育教学质量的前提下，降低成本、减少浪费、提高效率，实现教育资源的最优化组合，用最经济的消耗获得最佳的教育效果。这种“民办”特性决定了民办学校内部治理的构建和运行必须引入并遵循市场化原则，包括控制运行成本、畅通人力资本进入退出等。[15]
4.强化社会参与
优化社会参与环境，强化社区参与学校管理，学校与社区单位挂钩，与社区进行全方位的互动；社区中知名人士、家长代表联合组成教育委员会，提供教育咨询；由家长选举成立家长工作委员会，直接参与学校管理。
（二）完善法人治理结构，提高办学法治化水平
1.发挥党组织政治核心作用
完善民办学校的法人治理结构，需要加强党组织的政治核心作用，进一步促进学校端正办学指导思想、健全内部管理体制、规范办学行为，引导和监督学校遵守法律法规，督促决策机构和校长依法治教、规范管理，确保民办学校在遵循教育规律、依法规范办学、认真履行办学责任的前提下，实现又好又快的发展。
2.完善决策机制
对一个组织来讲，决策权是具有根本性意义的重要权力。董（理）事会是民办学校的最高权力机关和最高决策机关。在当前明确董（理）事会组成人数、产生办法、任期和任职资格、权力范围等基础上，确保董（理）事会主体多元化、专业化，将学术组织负责人、师生代表、杰出校友、社会知名人士、国内外知名专家等纳入董（理）事会。明确对董事间亲属关系以及董事兼任校内相应职务等方面的要求，可以借鉴我国台湾地区民办学校董事会和校长不得由家族三代以内的亲属（含直系和旁系）同时担任的做法，避免董（理）事会的家族化倾向。明确议事规则，规定会议召开的最少人数、能否委派代表参加会议、通知传达程序、回避制度、表决程序、董（理）事会无法召开或出现违法情况时相关部门的作为等问题。为确保董（理）事会决策的科学性和有效性，可以借鉴国外私立大学的做法和经验，建立董（理）事会决策咨询委员会、发展规划委员会、财政预算委员会以及绩效考核委员会等常设机构，分别从事董（理）事会会议组织、重大决策前可行性分析、制定学校发展规划、审查学校预算方案并负责筹集发展资金以及考核行政班子业绩等工作。
3.健全内部监督机制
