作为新中国“一五”计划时期派到苏联学习特殊教育的最早的两名留学人员之一，朴永馨教授视建设中国特色的特殊教育学科为己任，为中国特殊教育学科的建设做出了自己的贡献。
1.探索有中国特色的特殊教育学
国外和国内的一部分辞书关于特殊教育的概念多强**育对象、手段等特殊性。20世纪80年代后，朴永馨教授坚持从特殊教育是整个教育的组成部分出发，并与普通教育相结合的角度来定位特殊教育：“使用一般的或经过特别设计的课程、教材、教法和教学组织形式及教学设备，对特殊儿童进行的旨在达到一般和特殊培养目标的教育。”他提出，特殊教育的课程、教学原则、手段、方法、目标等与普通教育有相同的一面，也有因教育对象的特殊性而不同的一面，二者是密切联系、相互融合统一的。这个特殊教育与普通教育相统一与结合的思想，不仅对中国特殊教育学进行了根本性的定位，也为国家从“八五”计划时期开始形成“以特殊教育学校为骨干，以普通学校附属特教班和随班就读为主体”的特殊教育发展格局奠定了理论基础。20世纪90年代初，为适应国家正规培养特殊教育师资的需要，朴永馨教授领衔主编了新中国第一本特殊教育学教材《特殊教育概论》和国家“八五”计划重点图书《特殊教育学》。两本开拓性的中国特殊教育学教材，构建了中国特殊教育学的基本框架：跨学科性地研究特殊教育的概念、意义、理论基础、历史、目的与任务、体系、组织形式、方法、内容、手段、设备、管理、师资、各级各类特殊教育等，为形成特殊教育学科群奠定了坚实的基础。
朴永馨教授认为，特殊教育的研究方法除使用普通教育的研究方法外，还可以更多采用普通儿童教育与特殊儿童教育比较研究的方法、中国特殊教育与外国特殊教育比较研究的方法。他所主持和进行的研究多是与普通教育、外国教育相联系与比较的研究。
1988年，在朴永馨教授的努力下，北京师范大学成立了由国家教委和北京师范大学双重领导的特殊教育研究中心，由该中心主办、朴永馨教授任主编的《特殊教育研究》杂志为全国特殊教育学科研究的启蒙和繁荣做出了不可磨灭的贡献。作为中国教育学会特殊教育研究分会、中国高等教育学会特殊教育研究分会的发起人和主要领导人之一，朴永馨教授与全国同行有着非常友好、密切的合作，并在我国特殊教育学科的形成与发展、地位与学术性的提高、群众性科研的普遍开展等方面都做出了一定贡献。
2.构建有中国特色的特殊教育学学科体系
特殊教育师资的培养培训方面也体现了朴永馨教授在特殊教育学科建设方面的思想。1982年，南京特殊教育师范学校开始筹建，朴永馨教授受国家教委委托牵头研制中等特殊教育师范学校课程方案，自此，中国特殊教育师资培养与培训体系和学科体系建设的进程开启了。对于三级师范教育的中等师范教育，他根据中国当时特殊教育与师范体系的情况提出：分建盲教育专业、聋教育专业、智力落后教育专业；各个专业分别开设眼、耳、神经及精神医学基础课程，开设特殊教育概论、各类特殊儿童心理课程，开设三类特殊教育学校语文、数学、常识教材教法、现代教育技术、特殊教育手段等课程。总之，就是开设医学基础、心理学基础、教育学基础和教材教法基础几个板块课程。1989年11月，国家教委正式颁发了由朴永馨教授执笔起草的《中等特殊教育师范学校教学计划（试行）》并由人民教育出版社出版。在此基础上，我国特殊教育领域当前盲教育学科群、聋教育学科群和智力落后教育学科群的雏形逐步形成了。此后，随着课程方案的实施、教学大纲的制定和教材的编写，中国特殊教育学科体系日臻完善。朴永馨教授还参加了这些教学计划中课程的实际教学以及其他课程教学大纲和教材的编写、审定。
