20世纪90年代以后，随着办学体制改革的逐步推进，教育事业的规模开始急剧扩大。如何有效增加教育经费的来源，处理好教育成本在国家、社会、集体和个人之间的合理分担问题成为这一时期教育投资体制改革面临的主要任务。面对教育经费紧缺，难以满足教育事业发展需要的难题，1993年颁布的《中国教育改革和发展纲要》提出要改革和完善教育投资体制，增加教育经费；并指出，改革的主要思路是要“逐步建立以国家财政拨款为主，辅之以征收用于教育的税费、收取非义务教育阶段学生学杂费、校办产业收入、社会捐资集资和设立教育基金等多种渠道筹措教育经费的体制”。筹措教育经费的主要措施包括：逐步提高国家财政性教育经费支出占国民生产总值的比例；贯彻“三个增长”原则，提高各级财政支出中教育经费所占的比例；征收城乡教育附加费；提高非义务教育阶段学生学费标准；鼓励发展校办产业；鼓励捐资助学；等等。这些改革措施的推进，大大地拓宽了教育经费筹措渠道，使我国教育经费投入总量有了很大的增长。1995年《教育法》颁布实施以后，《中国教育改革和发展纲要》所提出的有关教育投资体制改革的方案通过法律的形式固定了下来。《教育法》明确规定，“国家建立以财政拨款为主、其他多种渠道筹措教育经费为辅的体制，逐步增加对教育的投入”。此后，各级政府和其他社会组织纷纷开始探索增加教育经费投入的有效途径。
在基础教育领域，根据1986年《义务教育法》第十二条和1992年《义务教育法实施细则》第十七条的规定，实施义务教育的学校可收取杂费，这使得杂费成为除政府财政投入之外，义务教育经费的一个重要来源。1999年以后，国家逐渐增加了对教育经费的投入并且提出要逐步实现国家财政性教育经费支出占国民生产总值4%的目标。政府在积极运用财政、金融、税收政策，鼓励社会、个人和企业投资捐助办学，增加教育经费投入的同时，也开始有意识地加强对教育经费的管理，严格禁止乱收费。针对人民群众反映强烈的学校乱收费问题，于2001年颁布实施的《国务院关于基础教育改革与发展的决定》，更加明确地提出要“坚决刹住一些地方和学校的乱收费，控制学校收费标准，切实减轻学生家长特别是农村学生家长负担”，并且要求在贫困地区实行“一费制”，在其他地区规范杂费和书本费收费标准和收费行为。2006年，修订后的《义务教育法》对义务教育经费的保障机制做出了新的规定。其第二条第三款规定：“实施义务教育，不收学费、杂费。”第四十二条第一款规定：“国家将义务教育全面纳入财政保障范围，义务教育经费由国务院和地方各级人民政府依照本法规定予以保障。”这标志着政府开始全面承担起发展义务教育的职责，我国义务教育的经费筹措体制日益完善起来。
在高等教育领域，传统的经费筹措体制主要由政府财政拨款和高校事业收入两部分组成。1986年，我国的高等学校开始招收收费的委培生和自费生。1989年，大部分高校开始向学生收取学费。1993年《中国教育改革和发展纲要》提出要提高非义务教育阶段学生学费标准，到1997年，全国所有高校都实行了上学收费制度，学费收入已经成为我国高等学校办学经费的一个重要来源。1998年通过的《高等教育法》第六十条规定“国家建立以财政拨款为主、其他多种渠道筹措高等教育经费为辅的体制”。这标志着我国高等教育的投入体制已经初步形成。在建立和完善高等教育的收费制度的同时，我国还在高等教育领域建立起奖学金制度、勤工助学制度、特殊困难补助制度、学费减免制度、国家助学贷款制度等全方位资助学生上学的制度体系。此外，发展校办产业、增加学校收入、鼓励提倡社会力量捐资办学也是我国20世纪90年代以后解决教育经费不足的重要措施。这些措施对增加学校办学经费，缓解教育经费短缺的问题发挥了重要作用。
