我国传统的高等教育管理体制形成于20世纪50年代，是与新中国成立初期高度集中的计划经济体制相适应的，是一个政府举办、计划调控、封闭办学、集中管理的体制。1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》颁布实施以后，我国在高等教育管理体制方面，逐步地开始了一些改革的探索和尝试。
1.明确政府的管理权限，扩大高校的办学自主权
在原有的高等教育管理体制下，我国的高等学校大多是由中央部门和地方政府分别办学并直接管理的。条块分割的管理体制使得政府对高等学校的管理权限和管理责任没有得到清晰的界定，容易产生政府对高校管得过死以及政府的不同层级和不同部门之间管理职能交叉重叠的问题，严重限制了高等学校潜力和活力的发挥。1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》颁布实施以后，中央对这一体制的弊端有了更为深刻的认识。《中共中央关于教育体制改革的决定》认为，“当前高等教育体制改革的关键，就是要改变政府对高等学校统得过多的管理体制，在国家统一的教育方针和计划的指导下，扩大高等学校的办学自主权”，并且提出“要改革管理体制，在加强宏观管理的同时，坚决实行简政放权”。《中共中央关于教育体制改革的决定》还进一步详细列举了办学自主权的内容，例如，“在执行国家的政策、法令、计划的前提下，高等学校有权在计划外接受委托培养学生和招收自费生；有权调整专业的服务方向，制订教学计划和教学大纲，编写和选用教材；有权接受委托或与外单位合作，进行科学研究和技术开发，建立教学、科研、生产联合体；有权提名任免副校长和任免其他各级干部；有权具体安排国家拨发的基建投资和经费；有权利用自筹资金，开展国际的教育和学术交流，等等”。《中共中央关于教育体制改革的决定》还提出：“对不同的高等学校，国家还可以根据情况，赋予其他的权力。”
根据这一决定的原则和要求，国务院于1986年3月发布了《高等教育管理职责暂行规定》，进一步明确了中央政府、地方政府和高校的权限和职能。其中规定，国家教委在国务院的领导下，主管全国高等教育工作，并附有贯彻执行党和国家有关高等教育的方针政策法律法规，制定高等教育工作的具体政策和规章等主要职责。国务院有关部门，在国家教委的指导下，负有管理直属的高等学校的九项主要职责，省、自治区、直辖市人民政府负有管理本地区高等教育的职责。这些政策文件的颁布实施，对于明晰政府对高等学校的管理职责起到了重要的作用。该暂行规定还对人才培养、经费管理、基建计划、干部管理权限、职称评定、教学科研和外事政策等8个方面做出了具体的规定。此后，国家教委又据此制定了一系列相应的措施，对高等学校的财务管理、基本建设、招生录取等事项进行了详细的规定，进一步落实了高校的办学自主权。
2.改革高等学校内部管理体制
高等学校内部管理体制的改革也是这一时期高等教育管理体制改革的重要内容。改革的主要内容包括：第一，实行校长负责制。从1985年起，北京师范大学、北京工业大学等一批高校率先开始实行校长负责制的改革。在改革的过程之中，这些学校还陆续建立起校内决策审议制度、行政指挥制度、监督保证制度，进一步深化了学校的民主管理。第二，实行教师职务聘任制度。1986年3月，中央职称改革领导小组转发了《高等学校教师职务试行条例及其实施意见》之后，全国高校普遍实行教师职务制度。1987年，教师职务聘任工作已基本完成。1989年，高等学校进一步健全教师考核制度，把工作实效作为聘任与晋升教师职务的主要依据。第三，建立以岗位责任制为中心的管理制度。在劳动人事制度改革的过程中，一些高校逐步开始推行岗位聘任制，并把教师的工作业绩和劳动报酬结合起来，有力地调动了教师工作的积极性。第四，推动高校后勤工作改革。《中共中央关于教育体制改革的决定》提出，高等学校后勤服务工作改革的方向是实行社会化，各高校以后勤服务社会化为总体目标，以推行经济承包责任制为主要内容，不断推进学校后勤管理体制的改革，逐步形成了以学校自营为主体，集体、社会企业为补充的后勤服务体系。
