在“以县为主”的义务教育管理体制下，县级政府承担了统筹发放中小学教师工资的职责。到2001年10月为止，据20个省份上报给教育部的数据，全国已有1117个县（市、区）将农村中小学师资管理上收到县一级，占这些省份总县（市、区）数的58%。从数据上看，各级政府是以积极态度推进“以县为主”义务教育管理体制改革的。
为了了解各地实际情况，2001年9-12月，国家教育督导团组织国家督学，对8个省份落实“以县为主”的农村义务教育管理体制进行检查。检查结果与各地政府自报材料有一定出入，许多地方对“以县为主”教育管理体制的认识尚不统一。一些地方市、县、乡各级对实行这一体制各有各的想法，积极性不高。特别是一些欠发达地区的县（市、区），过去由乡一级发放工资有困难，现在以县为主，拖欠教师工资问题依旧，只是从乡镇挪移到县，县级政府无能为力。截至2001年11月，甘肃省由县（市、区）统发教师工资的有28个，占县总数的32.18%；而河南省由县（市、区）统发教师工资的只有14个，仅占县总数的8.86%。[7]
针对这种情况，2002年4月，国务院下发了《国务院办公厅关于完善农村义务教育管理体制的通知》，对《国务院关于基础教育改革和发展的决定》的精神做了进一步阐释，统一认识。要求：“县级人民政府对农村义务教育负有主要责任，省、地（市）、乡等地方各级政府承担相应责任，中央政府给予必要的支持。”此后不久，国家教育督导团再次派人到各地巡查。继上半年对新疆、黑龙江、山东和陕西4地的14个县（市、区）调研之后，11月上旬，国家教育督导团派出调研组，对河南、河北、湖南等11个省份的22个县（市、区）进行了督导调研。与2001年的调查结果相比，督导检查和调研所到的15个省份的大部分县（市、区）已经完成农村义务教育体制上收到县的工作，完全实行“以县为主”的县（市、区）有30个；仅将教师工资上收到县的有34个；仅将教师人事管理上收的有31个。贵州全省范围内全部完成教育体制上收到县工作。少数管理体制没有上收的县，主要集中在有些经济发展好、教育投入力度大的地方。这些地方的乡镇财政体系足以支撑中小学教师工资的按时足额发放。例如，浙江省慈溪市掌起镇2001年财政支出为3803万元，其中教育投入为1625.35万元，2002年教育投入超过2000万元。吉林省通化县各乡镇教育投入比例也较高。县里担心义务教育体制改革会影响到乡镇投入的积极性。[8]
从各方面看，“以县为主”的义务教育管理体制实施以后，全国大面积拖欠教师工资的势头得到了很大程度的遏制，尤其是人均收入较低的乡镇，这些乡镇教师工资基本能按时通过银行发放到个人的账户上，拖欠现象已大大减少。例如，河南省拖欠中小学教师工资最多时高达28.5亿元。2002年，全省农村中小学教师工资基本上做到了按时发放。调查组所到的河南3个县，2002年都实现了教师国家标准工资按月足额发放，教师满意度高，以至有些乡镇政府和农机管所等单位的职工都对教师职业表示羡慕。[9]
各级政府对农村义务教育的投入采取了政策性倾斜，据2005年公布的《国家教育督导报告》显示，2000-2004年，全国农村义务教育生均预算内事业费，小学由413元增加到1014元，初中由534元增长到1074元。小学、初中生均预算内事业费的城乡比由1.5∶1缩小到1.2∶1。[10]政府对义务教育投入的增长率农村高于城市，生均拨款的城乡比有所缩小，义务教育均衡化正在逐步推进。
2001年以来，各地在落实“以县为主”的农村义务教育管理体制的过程中，逐步实行了以县为主，县级教育行政部门、乡（镇）中心校（总校）和学校三级管理的体制，这一体制为农村义务教育的快速发展提供了有力保障。随着农村义务教育经费保障机制的建立，义务教育阶段的办学责任主要由政府承担，原有的以乡（镇）中心校（总校）作为一级农村教育管理机构的体制面临挑战。一些农村乡镇规模过小，以乡镇为单位实施管理，造成乡（镇）中心校（总校）数量及管理人员过多，编制紧缺，再加上受人口限制，在农村中小学布局结构调整过程中，难以按照标准化学校的建设要求制定规划，更难以实现教师配备的学科专任化，使校际间的差距不断拉大。农村中小学布局调整工作迫在眉睫。就目前来看，主要采取撤并、联合办学等形式，取得了一定效果，但同时也面临不少困难。例如，学生上学路途太远，集中办学点需要更多的基建经费投入等，制约着农村中小学布局调整。有研究者指出：“必须进一步理顺县域教育三级管理体制，积极推进乡（镇）中心校（总校）转变为学区中心校的管理体制改革，建立和完善以县为主，县级教育行政部门、学区中心校和学校三级管理的县域教育管理新体制，并以学区管理体制改革带动中小学布局调整和标准化学校建设，逐步缩小学校之间的差距，实现县域义务教育的均衡和可持续发展。”[11]
2004年，国务院发布了《2003—2007年教育振兴行动计划实施纲要》，要求进一步落实“在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主”的农村义务教育管理体制。县级政府要切实担负起对本地教育发展规划、经费安排使用、教师和校长人事等方面进行统筹管理的责任。明确各级政府保障农村义务教育投入的责任；中央、省和地（市）级政府通过增加转移支付，增强财政困难县义务教育经费的保障能力。建立和完善农村中小学投入保障机制，确保农村中小学教职工工资按时足额发放，确保农村中小学校舍的维护、改造和建设，确保维持学校正常运转的基本支出需要。再一次强调了实施“以县为主”的义务教育管理体制改革的必要性和重要性。
由于我国经济发展存在着很大的地区差异，从全国来看，实施“以县为主”的义务教育管理体制改革还存在着一些困难，落实农村义务教育管理体制存在不少问题，就国家教育督导团2002年检查和调研到的县（市、区）为例，还存在着农村中小学教职工工资发放问题还没有完全解决，税费改革对农村义务教育办学经费的影响，农村中小学学校公用经费难以维持日常办学的开支以及中小学危房问题等。时任教育部副部长的陈小娅也强调，农村税费改革在全国推开后，在一些经济欠发达地区，原来作为中小学经费“半壁江山”的农村教育费附加和教育集资等被全部取消，虽然旨在减轻农民负担，但在客观上却使原本不足的义务教育经费再次陷入窘境。这一体制的完善尚需做大量的工作。
