1995年，《中华人民共和国教育法》颁布并明确了学校的法律地位和享有的权利：“学校及其他教育机构具备法人条件的，自批准设立或者注册之日起取得法人资格。”第一次从法律上明确了我国学校的法人地位和法人资格，国家通过法律的形式确立了学校的法人地位，表明了国家对学校特殊性及其自主权利的认同和尊重，意味着在法律意义上赋予了学校自主发展的空间。学校法人地位的确立，使校长负责制的改革走向深化，增强了中小学教育的社会适应性，推动了学校各要素的优化组合和有效使用，激发了学校内部管理的活力。《中华人民共和国教育法》还规定了学校享有的九项权利。
1996年，国家教委发布了《小学管理规程》，专门对小学阶段的学校内部管理做出规定。根据规定，小学实行校长负责制，由校长全面负责学校行政工作，农村地区可视情况实行中心小学校长负责制。小学应按照“分级管理，分工负责”的原则，在当地政府的领导下实施教育工作。小学校长应具备国家规定的任职条件，由学校设置者或设置者的上级主管部门任命或聘任。在小学内部，可依规模分设副校长及分管教务、总务的机构或人员，协助校长做好有关工作。党组织应在小学中发挥核心作用，小学应建立教职工（代表）大会制度，以加强民主管理和民主监督。小学应建立、健全教育研究、业务档案、财务管理、安全工作等制度，应接受教育行政部门和上级主管部门的检查、监督和指导，定期向上级主管部门报告工作。该规程的颁布和实施使小学管理朝着规范化、科学化的方向发展，对于全面贯彻教育方针和推动义务教育阶段素质教育的全面展开，提高教育质量发挥了积极作用。
1993年开始，不少中小学开始公开向社会招聘教师并按照考核结果“按劳分配”，拉开了分配档次，并逐步扩大学校办学的自主权。例如，面对中小学“择校”问题，一些有条件的学校开展了“两权分离”试点实验。[23]“苏州市一中是一所百年老校，多年来形成了良好的办学传统，特别是近年实行学校所有权与办学权‘两权分离改革’，搞活了办学机制，学校3年面貌大变，共投入1000多万元改善办学条件，教育质量和办学效益明显提高。”[24]江苏省教委也明确提出：“可以依托市重点中学和实验小学，举办‘四独立’（独立学校法人、独立校舍、独立师资、独立财务）的‘民办公助’、‘公办民助’学校。各地加快了办学体制改革的力度和深度，‘民办公助’、‘公办民助’学校‘忽如一夜春风来’，疏导了一大部分‘择校生’。”[25]
2004年年初国务院批转了教育部制定的《2003-2007年教育振兴行动计划》，突出强调了“推进教育管理体制改革，为教育发展提供制度保障”的决心，提出了“深化学校内部管理体制改革，探索现代学校制度”的目标。强调了完善学校法人制度，“中小学要实行校长负责、党组织发挥政治核心作用、教代会参与管理与监督的制度”，逐步形成“自主管理、自主发展、自我约束、社会监督”的学校运行机制。可以看出，《2003-2007年教育振兴行动计划》凸显了“制度创新”的地位，“是提高质量、巩固改革成果和教育持续发展的重要方面，也是深化改革的具体措施。其目的在于重建一种适应当代中国教育发展的新规范系统，从而使制度创新成为改革进入重建阶段的标志性特征。”[26]
