第二阶段，深入发展阶段。从20世纪80年代中期开始，随着经济、科技体制的改革，义务教育体制的改革也正式开始。党的十二届三中全会就指出：“科学技术和教育对国民经济发展有着极其重要的作用。随着经济体制的改革，科技和教育体制的改革越来越成为迫切需要解决的战略任务。”人们逐步认识到，从教育自身发展来看，以往的教育管理体制存在着很大的弊端，国家统得过死，不能适应经济和社会发展的需要。在这种背景下，1985年5月召开的全国教育工作会议集中讨论了教育体制改革问题。
1985年颁布的《中共中央关于教育体制改革的决定》规定，基础教育实行“地方负责，分级管理”原则下的学校管理，提出了改革基础教育管理体制的任务：“九年制义务教育，实行基础教育由地方负责、分级管理的原则，是发展我国教育事业、改革我国教育体制的关键一环。”这表明了中央将把义务教育的权力和责任下放到地方，地方政府拥有了义务教育学校的管理权和决策权，这就使“校长负责制”有了真正实施的空间。它明确指出“学校逐步实行校长负责制”，有条件的学校要设立由校长主持的人数不多的有威信的校务委员会，作为审议机关，要建立和健全以教师为主体的教职工代表大会制度，加强民主管理和民主监督，“学校中的党组织要发挥政治核心作用和监督保证作用”。
校长负责制，即校长是学校的法人代表，对外代表学校，承担学校管理的责任，对学校的教育教学和行政工作全面负责，统一领导。校长负责制最核心的内容是权责对等，即校长对外负效能责任，对内统筹学校发展。到1993年为止，这段时间中小学管理体制改革逐步实行“校长负责、教职工全员聘任、岗位负责以及实施校内结构工资制度”，并加大考核力度，制定了相应的考核奖惩制度。这些措施的推行，一定程度上提高了教职工工作的积极性，提高了学校的管理水平，对教育教学质量的提升有所帮助。
这一阶段的义务教育学校内部管理改革，集中在“放权”上，与以往的改革相比，具有三个明显的特点：第一，对于学校来说，这次改革是以构建一个政府宏观管理，有利于扩大学校办学自主权的体制为目的的，重点是给予学校适当的办学自主权，学校和政府的关系得以调整。第二，就政府内部而言，这次改革使地方获得了较多的决策权，拥有了相对独立的决策权，地方在办学上有了更多的自主性和更高的积极性。第三，更为重要的是，这次教育体制的改革是和经济、科技体制的改革同步的，地方获得的权限具有比较现实的资源基础，切实保障了学校管理内部管理体制改革所需的财政投入。[22]
1985年至1992年“校长负责制”的试行，取得了良好的效果。校长负责制强化了行政领导的责任，在体制上基本做到了职、权、责的统一，调动了学校行政领导的工作积极性；校党支部充分调动和发挥了党员教职工和党外积极分子的作用；教职工代表大会制度增强了广大教职工的主人翁意识。校长负责制试行的良好效果为义务教育学校内部管理改革奠定了坚实的基础。
第三阶段，深化改革阶段。以1993年《中国教育改革和发展纲要》颁布为标志，我国义务教育学校内部管理改革进入了一个新的发展阶段：“深化中等以下教育体制改革，继续完善分级办学、分级管理的体制。中等及中等以下各类学校实行校长负责制。”“校长要全面贯彻国家的教育方针和政策，依靠教职员工办好学校”。以此为起点，校长负责制实现了从“逐步实行”到“实行”的跨越。同时，支持和鼓励“中小学同附近的企业事业单位、街道或村民委员会建立社区教育组织，吸引社会各界支持学校建设，参与学校管理，优化育人环境，探索出符合中小学特点的教育与社会结合的形式”。
