为了解决城乡义务教育经费保障机制有关政策不统一、资源配置不够均衡、综合改革有待深化等问题，2014年，中央财政在继续对各地实施城市免学杂费政策给予奖励性补助的基础上，依托全国学生学籍管理信息系统在分配进城务工人员随迁子女接受义务教育中央奖励资金时，研究部分教育经费跨省域可携带性问题，将流出地公用经费中央补助资金转移支付到流入地，以支持流入地政府按基本教育公共服务均等化原则，解决进城务工人员随迁子女接受义务教育问题，有效提高了经费分配的准确性和针对性。
2015年11月，国务院印发了《关于进一步完善城乡义务教育经费保障机制的通知》，按照“坚持完善机制、城乡一体；坚持加大投入、突出重点；坚持创新管理、推进改革；坚持分步实施、有序推进”的总体要求，首次提出建立统一的城乡义务教育经费保障机制，明确从2016年春季学期开始，国家统一确定生均公用经费基准定额；从2017年春季学期开始，统一对城乡义务教育学生（含民办学校学生）免除学杂费、免费提供教科书、补助家庭经济困难寄宿生生活费。新政策中强调：一是统一城乡义务教育“两免一补”政策，原来农村学生享受“两免一补”，城市学生只免学杂费、对低保家庭学生免费提供教科书和对家庭经济困难寄宿生补助生活费的政策，调整为对城乡义务教育学生全部实行“两免一补”政策，至此，我国已对所有义务教育阶段学生实行免费义务教育，标志着我国实现了真正意义上的免费义务教育；二是统一城乡义务教育学校生均公用经费基准定额，2016年全国义务教育学校生均公用经费基准定额为：中西部地区小学每生每年600元、初中800元，东部地区小学每生每年650元、初中850元。将中央对农村和城市实行不同的经费分担机制，即中央只分担农村义务教育经费，城市义务教育经费由地方负责、中央适当奖补，调整为中央和地方对城乡义务教育实行统一的分项目、按比例分担的机制。具体来讲，国家规定课程免费教科书资金由中央全额承担，地方课程由地方承担；家庭经济困难寄宿生生活费补助资金由中央和地方按照5∶5比例分担，贫困面由各省（区、市）重新确认并报财政部、教育部核定；落实生均公用经费基准定额所需资金由中央和地方按比例分担，西部地区及中部地区比照实施西部大开发政策的县（市、区）为8∶2，中部其他地区为6∶4，东部地区为5∶5。
据财政部2017年5月发布的《中央财政下达城乡义务教育经费保障机制预算1170亿元》指出，按照《国务院关于进一步完善城乡义务教育经费保障机制的通知》部署，统一城乡义务教育经费保障机制改革分两步走。第一步：从2016年春季学期起，统一城乡义务教育学校生均公用经费基准定额；第二步：从2017年春季学期起，统一城乡义务教育学生“两免一补”政策，实现相关教育经费随学生流动可携带。为确保实现国务院第二步改革目标，中央财政下达城乡义务教育经费保障机制预算1170亿元，比2016年增加约70亿元，增长6.4%，要求各地在继续落实好农村学生“两免一补”和城市学生免除学杂费政策的同时，向城市学生免费提供教科书并推行部分教科书循环使用制度，对城市家庭经济困难寄宿生给予生活费补助。政策的实施使全国1.43亿城乡义务教育学生获得免费教科书，1377万城乡家庭经济困难寄宿生获得生活费补助，约1400万进城务工人员随迁子女实现“两免一补”和生均公用经费基准定额资金可携带。中央财政补助资金分配重点向中西部农村地区倾斜，从城乡看，中央财政安排的保障机制资金农村占82%，城市占18%；从区域看，中西部地区占77%，东部地区占23%。
21世纪以来，农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，对于我国义务教育发展无疑具有重要意义。尤其是建立城乡统一、重在农村的义务教育经费保障机制，无疑是推动我国城乡义务教育发展一体化的重大体制机制创新，对于促进我国义务教育健康发展具有重要的意义。
