20世纪80年代，政府义务教育公共投资严重不足，导致了教育经费的严重紧缺。同时义务教育公共投资分担主体的重心过低，农村义务教育财政管理体制运转不灵，导致农村许多地区特别是国家级与省级贫困县的义务教育举步维艰，处于缺少政府足够财力保障的境况之中。
财政性教育经费从20世纪90年代中期后逐步走出低谷，呈现逐年上升的良好态势。国家对义务教育的投入大幅度增加，基本上形成了以财政拨款为主、多渠道筹措教育经费的投入体制。特别是从1998年开始，连续5年，中央财政支出中教育经费所占比例每年提高一个百分点，地方财政也相应地加大了教育投入力度。为落实“科教兴国”战略，帮助贫困地区加快普及义务教育，促进当地人民群众脱贫致富，在党中央、国务院的关怀下，1995年至2000年，教育部（原国家教委）、财政部联合组织实施了第一期“国家贫困地区义务教育工程”。中央财政投入39亿元，地方财政配套87亿元，共计126亿元。一期“工程”实施范围集中在22个省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团的852个贫困县，其中“八七”扶贫攻坚计划确定的国家级贫困县有568个。到2000年年底，一期“工程”圆满结束，完成了各项任务，实现了规划目标。但到2000年年底一期“工程”结束，全国尚未“普九”的县（旗、团场）还有522个，其中，315个国家级贫困县85%以上在西部地区。覆盖大约1.24亿人口，其中少数民族人口0.49亿。为此，党中央、国务院决定，“十五”期间继续实施第二期“工程”，以帮助贫困地区实现普及义务教育的目标。中央专款的分配向西部地区倾斜，为西部地区安排的资金占中央专款的90%以上。二期“工程”把校舍改造和建设继续作为重点的同时，加大了师资培训的力度，新增了免费提供教科书、配置信息技术教育设备等项目。按照规划，522个项目县共新建、改扩建中小学9827所；培训教师约46.7万人次，其中学历达标培训8.3万人；添置仪器设备3.76万台套，购置课桌凳210万套，新增图书资料2400万册；为60000多所农村中小学配备远程教育接收设备。二期“工程”的实施，使我国贫困地区基础教育办学条件得到较大改观，师资水平和教学质量得到进一步提高。
2005年年底，国务院决定将农村义务教育全面纳入国家财政保障范围。按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的原则，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障新机制，在全国农村普遍实行免除学杂费的义务教育，提高农村义务教育阶段中小学公用经费保障水平，建立农村中小学校舍维修改造投入机制，完善农村中小学教师工资经费保障机制。这项改革2006年首先在西部地区农村实施，2007年在全国农村地区全面展开。建立农村义务教育经费保障新机制，是我国教育发展史上又一个重要里程碑，对于促进教育公平、提高全民族素质产生了重要而深远的影响。
