农村中小学由于种种客观原因，教师队伍老化形成了“围城”，新的进不去，老的出不来。教师基本工资保证困难，办学资金匮乏，公用经费严重不足，难以维持日常办公的运转。据国家教育督导团的调查数据，2001-2002年中小学生均经费：吉林省通化县为80-90元，云南省蒙自县为55.7元，贵州省遵义县为25元，河南省焦作市为20元，福建省漳平市平均仅为7.5元。不少学校除了交水电费，真正用于教学用品开支的钱寥寥无几，个别地方竟出现了每天早晨校长站在学校门口给教师发粉笔的现象。许多地区生均公用经费日趋减少，且无法保证。[32]这种情况下进行的农村中小学内部管理改革，引出了成堆的新矛盾和新问题，农村义务教育中的一些学校改革举步维艰。
此外，在义务教育学校内部管理中，绝大多数学校组织管理机构形式上是校长—主任—教职工，但在实际操作中，信息沟通和指令传达的层级却烦琐得多，一般要经历校长—副校长（校长助理）—主任—副主任—年级组长（教研组长）—班主任（教师），这种多层级的信息传输给学校内部管理的决策、指挥、调控等方面带来一系列问题。还有，一般学校中层设置是“三处一室”，即教导处（有的学校还将其分为教学处、教务处），德育处（政教处），总务处和教研室。从学校管理运行情况看，很多学校都存在两个“两张皮”现象：教育与教学“两张皮”，配合不畅、相互扯皮，造成客观上的管理壁垒；教育教学与科研“两张皮”，科研脱离教育教学实际，缺乏现实针对性和实效性，科研成为教育教学的负担。这些学校组织管理上的问题，都需要加以重视。
义务教育学校内部管理的改革是一项社会系统工程，涉及面广、政策性强、工作量大、矛盾复杂，仅靠教育部门是难以完成的，各级党委、政府必须施以有力的领导。就目前来讲，需要营造有利于义务教育学校管理改革的外部环境，进一步完善中小学教师资格证制度、教育经费保障制度、行政用人及其他制度改革，学校内部管理体制改革才能顺利推进。
（二）校长负责制下校长的责权不清，学校缺乏自主管理的积极性
校长负责制是我国目前中小学实行的校内领导体制。这一领导体制包括四种含义：上级机关领导，校长全面负责，支部保证监督，教工民主管理。[33]从这一制度可见上级领导、校长、教职工之间的责任与权力关系。但我国长期在区分三者之间的关系上没有明确的说明或制度，导致在关于校长负责制的说法中，经常听到各种抱怨，“中小学校长负责制只是一种学校管理体制改革的口号、一种形式”，“校长负责制只是校长担负责任的制度，校长有名无实、有责无权”等。[34]有学者提出，校长负责制下校长的责权对等的问题，校长权力行使中的有效监督问题，校长权力过大造成的权力滥用问题与学校寻租问题等，这些问题都严重影响着义务教育阶段学校校长管理的积极性与主动性，同时也影响着学校管理的质量和效率。在校长负责制中，校长权力的加强与学校民主化管理之间是否矛盾，学校管理效率增加与校长权力异化的矛盾，校长应在什么范围内行使自己的权力，其他社会主体参与学校的民主管理与校长负责制究竟是什么样的关系等，都将是长期困扰学校管理领域的问题，有待于实践和理论结合起来进一步进行更深入的探讨。
