从义务教育改革与发展的目标来看，在落实学校办学自主权，理顺学校内部管理体制，健全学校内部行政管理，搞活办学机制等方面，校长负责制发挥了重要的作用，为学校全面贯彻党的教育方针，适应社会主义市场经济发展需要奠定了制度性基础。然而，从近40年的学校微观运行情况看，校长负责制目前尚待完善。虽然校长负责制被结构性地规定为校长负责、党组织监督和保证、教职工民主参与管理三方面统一，但由于校长负责制本质上具有集中性，而当前教育—管理—服务的结果又缺乏科学的评价机制和有效的监督机制，不少学校校长权力过度扩张甚至玩忽职守、贪污腐败的现象常见于报端；党组织监督无力；一些学校有限的教育资源由于配置不合理常常造成极大的浪费；为了改变教职工在学校管理中的边缘化状态，保护法律赋予教职工的合法权益的诉求也愈益强烈。
由于受教育行政体制和宏观社会体制（主要是劳动人事制度和社会保障体制）的双重制约，校长的办学自主权仍然不够充分，学校自主办学的机制还没有真正形成。我国虽已公布了教师法，但由于没有实施细则，所以关于教师资格认证、遴选任用、职务聘任、培养培训、流动调配、考核奖惩、工资待遇、申诉与仲裁等方面缺乏必要的、可操作的配套法规。由于管理体制的原因，目前国内一些发达地区的城市教师超编严重，而一些农村地区，特别是贫困农村和山区，教师严重短缺，学校不得不聘用大量代课教师。例如，北京市2004年各区县教师数量分布严重不平衡，表现为师生比差异很大。各区县之间中学师生比的差距高达60%；有的区县中学师生比为1∶10，而有的区县中学师生比为1∶16。各区县之间小学师生比的差距高达100%，有的区县小学师生比为1∶7.5，而有的区县小学师生比为1∶15。这种不平衡一方面造成人力资源的浪费，另一方面妨碍着教学质量的提高。农村地区严重缺乏高水平的教师，农村地区的教师向县城流动，县城的教师向城区流动。农村地区教师的待遇偏低，工作条件比较差，学习与发展的机会少，缺少持久有效的专业支持，这使多数教师不愿意到农村地区任教，更不愿意扎根于农村教育事业。[29]
教师资源库的“不均衡”储备，对现行由学校任用和管理教师的体制提出严重挑战，教师待遇上存在的巨大校际差异强化了教师的单位内部所有制，阻碍了合理的教师聘任、交流和轮换制度的推行。
义务教育的学校内部管理体制改革很重要的一项是人事制度的改革。教师聘任制、结构工资制是其改革的核心内容，这更需要外部条件的成熟。中西部地区代课教师的存在，对义务教育学校内部管理改革造成了很大的困难。在一些偏远的农村小学或教学点，代课教师担负了主要教学任务。这些代课教师待遇低下。2005年11月《南方周末》刊登的一份调研报告震惊了社会各界：“渭源县有600余名乡村代课教师，每月仅拿着40元到80元不等的工资。每月拿40元工资的又占了代课教师的70%，部分代课教师这样的工资已拿了20年！”[30]
从2006年开始，按照教育部的规定，各省市将逐步清退代课教师，据陕西省有关部门公布的情况，陕西省代课教师数量已由2000年的5.7万人减少到现在的2.7万人左右，目前正在按照“谁聘任、谁管理、谁清退、谁做思想工作”的原则加快清退。蓝田、周至、临潼、商州、陇县、清涧等地的一些偏远农村小学，尤其是教学点，许多学生家长担心清退代课教师会让孩子没处上学。[31]
