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2005年年底，国务院决定按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的原则，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障新机制，在全国农村普遍实行免除学杂费的义务教育，提高农村义务教育阶段中小学公用经费保障水平，建立农村中小学校舍维修改造长效机制，完善农村中小学教师工资保障机制。这项改革2006年首先在西部地区农村实施，2007年在全国农村地区全面推开。建立农村义务教育经费保障新机制，是我国教育发展史上又一个里程碑，对于提高教育公平、提高全民族素质产生了重要而深远的影响。

2005年提出的对家庭贫困学生实行“两免一补”政策，使贫困家庭的孩子能够上学读书，完成义务教育。“两免一补”政策2005年首先在592个国家重点贫困县实施，2006年在西部农村和部分中部农村地区实施，并将农村义务教育全面纳入国家财政保障范围。2007年春季在全国农村全面实施，惠及1.5亿农村义务教育阶段中小学学生。农民的教育负担得到切实减轻，平均每年每个小学生家庭减负140元，初中生家庭减负180元。

2006年修订的《中华人民共和国义务教育法》，进一步明确了各级政府举办义务教育的责任，将义务教育所需经费全面纳入财政保障范围，同时对全面实施素质教育、促进义务教育均衡发展、提高义务教育质量等重大问题作出了法律规定，为推动我国义务教育持续发展提供了有力的制度保障。

2009年教育部和财政部联合下发《关于进一步加强农村义务教育经费保障机制改革资金管理的若干意见》，要求进一步推进农村义务教育经费保障机制改革资金（以下简称“保障机制资金”，含农村义务教育阶段中小学公用经费资金、免费教科书资金、校舍维修改造长效机制资金、家庭经济困难寄宿生生活费补助资金等）的科学化、精细化管理，切实落实各级政府之间和部门之间的经费分担责任和管理责任，县级财政、教育部门对上级和本级保障机制资金负有主要的管理责任，中小学校财务管理实行校长负责制，校长负责组织学校按规定编制学校年度预算；强化农村中小学预算财务管理；切实规范资金支付管理。为推进财政科学化精细化管理，提高资金管理水平，推动农村义务教育经费保障机制改革，促进义务教育均衡发展，中央财政设立基础教育“以奖代补”专项资金，对基础教育财政财务管理工作开展好的地区实行“以奖代补”制度。2009年，财政部颁布《中央对地方基础教育“以奖代补”专项资金管理暂行办法》，通过这一政策来支持农村地区义务教育的发展。

2012年教育部、财政部下发《农村义务教育学生营养改善计划专项资金管理暂行办法》，明确中央财政在农村义务教育薄弱学校改造计划中专门安排食堂（伙房）建设资金，对中西部地区农村学校改善就餐条件进行补助。

2013年国务院办公厅转发教育部等部门《关于实施教育扶贫工程意见的通知》，以《中国农村扶贫开发纲要（2011—2020年）》所确定的连片特困扶贫攻坚地区为主要教育扶贫范围。

2015年教育部和财政部印发《农村义务教育薄弱学校改造补助资金管理办法》，明确薄改补助资金是由中央财政设立、通过一般公共财政预算安排、用于改善贫困地区义务教育薄弱学校基本办学条件的资金，薄改补助资金由财政部和教育部共同管理，地方各级财政要结合自身财力，增加对改善贫困地区义务教育薄弱学校基本办学条件的经费投入。薄改补助资金支持范围以中西部省份（含新疆生产建设兵团）贫困地区薄弱学校为主，适当兼顾部分东部省份的贫困地区薄弱学校。贫困地区是指集中连片特困地区县、国家扶贫开发工作重点县、贫困的民族县和边境县以及其他贫困县。进一步加大片区义务教育投入力度，推进义务教育阶段学校标准化建设。农村义务教育学校布局要保障学生就近上学的需要。改善保留的村小学及教学点，特别是改善边境一线学校及教学点基本办学条件。完善农村义务教育薄弱学校教学用房、学生宿舍等附属设施，加强图书、教学仪器设备、多媒体远程教学设备和体育卫生、艺术教育器材的配备。

2016年国务院办公厅发布的《关于加快中西部教育发展的指导意见》指出，国家继续实施全面改善贫困地区薄弱学校基本办学条件、农村教师特岗计划、营养改善计划等重大工程和项目，完善城乡义务教育经费保障机制，推动基本公共教育服务均等化；巩固规范农村义务教育学校布局调整成果，办好必要的教学点，方便乡村学生就学；扩大农村教师特岗计划中乡村学校特设岗位数量，增加优秀大学毕业生到乡村学校任教比例；各地要采取措施逐步扩大营养改善计划实施范围，依据地区经济水平、物价变动等因素，建立补助标准动态调整机制。

2016年5月20日，习近平总书记主持召开中央全面深化改革领导小组第二十四次会议，会议审议通过了《关于统筹推进城乡义务教育一体化改革发展的若干意见》。会议指出，统筹推进县域内城乡义务教育一体化发展，对缩小城乡教育差距、促进教育公平具有重要意义。要针对突出问题，在合理规划城乡义务教育学校布局建设、完善城乡义务教育经费保障机制、统筹城乡教育资源配置、提高乡村教育质量、稳定乡村生源、保障随迁子女就学、加强留守儿童关爱保护等方面推出务实管用办法。要加大对乡村特别是老少边穷等地区义务教育扶持力度，让贫困地区的孩子们都有机会接受公平、有质量的义务教育。要注意结合地方实际，因地制宜选择发展路径。

据《国务院关于统筹推进县域内城乡义务教育一体化改革发展的若干意见》指出，当前我国县域内城乡义务教育一体化改革发展的目标：一是“四个统一、一个全覆盖”。“四个统一”即加快推进县域内城乡义务教育学校建设标准统一、教师编制标准统一、生均公用经费基准定额统一、基本装备配置标准统一。“一个全覆盖”指“两免一补”政策城乡全覆盖。要求到2020年，城乡二元结构壁垒基本消除，义务教育与城镇化发展基本协调。二是“乡村弱、城镇挤”的难题逐步得到解决，即城乡学校布局更加合理，大班额基本消除，学校标准化建设取得显著进展，城乡师资配置基本均衡，乡村教师待遇稳步提高，岗位吸引力大幅增强，乡村教育质量明显提升。三是九年义务教育巩固率达到95%，在93%基础上提升2个百分点。县域义务教育均衡发展和城乡基本公共教育服务均等化基本实现。党的十九大报告中再次强调：推动城乡义务教育一体化发展，高度重视农村义务教育，努力让每个孩子都能享有公平而有质量的教育。将城乡义务教育一体化发展与农村义务教育发展作为未来基础教育的发展重点，为我们未来农村义务教育的发展指明了方向与目标。

以上重大改革措施和新的制度改革使我国农村义务教育进入前所未有的快速发展时期。