20世纪90年代，是我国农村教育综合改革从试验到扩展进而全面推进的时期。1991年11月发布的《中共中央关于进一步加强农业和农村工作的决定》指出：“要牢固树立科学技术是第一生产力的马克思主义观点，把农业发展转移到依靠科技进步和提高劳动者素质的轨道上来。”这一重大决策，为我国农村教育事业的发展提供了契机。1992年《国务院关于积极实行农科教结合推动农村经济发展的通知》，1993年2月中共中央、国务院发布的《中国教育改革和发展纲要》等重要决策，对于农村教育综合改革具有重要指导意义。1995年12月国家教委办公厅下发《关于实施“燎原计划百、千、万工程”的意见》，进一步落实“科教兴国”“科教兴农”战略。1996年4月，国家教委印发了《全国教育事业“九五”计划和2010年发展规划》，再次强调推进“农科教结合”“三教统筹”以及“燎原计划”与“星火计划”“丰收计划”的有机结合。同年9月国家教委办公厅印发《国家教育委员会关于加强教育系统科技兴农的意见》，对农村教育综合改革提出了新的要求。1998年10月召开的党的十五届三中全会通过了《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，强**育在农业和农村工作中的重要作用，指明了农村教育进一步改革和发展的方向。同年12月教育部发出了《教育部关于贯彻十五届三中全会精神促进教育为农业和农村工作服务的意见》，要求进一步推动农村教育综合改革，促进“农科教结合”和“三教统筹”。
到20世纪末，我国完成了基本普及九年义务教育、基本扫除青壮年文盲的历史性任务，国民人均受教育年限达到8年，超过世界平均水平。
在2003年召开的新中国成立以来第一次全国农村教育工作会议上，确立了农村义务教育作为教育工作重中之重的战略地位，制定了新增教育经费主要向农村倾斜的政策，出台了一系列促进农村义务教育发展的措施。2003年国务院决定实施西部地区“两基”攻坚计划。截至2007年，全国410个“两基”攻坚县中已经有317个县实现了目标，西部地区“两基”人口覆盖率由2003年的77%提高到96%。民族自治地区699个县中，已经有614个县实现了“两基”，占民族自治地区总县数的87.8%。“两基”攻坚计划的实施，有力地促进了西部地区农村义务教育的发展，使农村学校的办学条件大大改善，质量得到提高。
2004年政府工作报告提出实施三大工程，包括农村寄宿制学校建设工程、第二期农村中小学危房改造工程和农村中小学现代远程教育工程。
