第一，两段式。将九年一贯制分为“六三”学制和“五四”学制两种模式，学生从一年级至九年级，相继完成小学至初中教育，取消升学考试，学校实行统一的行政、教育、教学管理。2014年北京市推出的九年一贯制学校，其中一个显著特点是改变现在的“六三”学制，采用“五四”学制。“六三”学制是我国义务教育阶段的主导学制，得到了社会的普遍认同，但近年来一贯制学校逐渐推广的是“五四”学制。如东城区新组建的九年一贯制学校，都将实行“五四”学制，这是推广景山学校的做法。景山学校在几十年的办学过程中，已经形成了成熟的“五四”学制模式以及完善的教材体系，经过对景山学校学生成长及学业各方面的跟踪监测，可以看出“五四”学制多方面的优势。[19]
第二，三段式。将九年一贯制分为三个学段，具体来说，又有三种不同的划分方法：一是一至三年级为一个学段、四至六年级为一个学段、七至九年级为一个学段；二是一至四年级为一个学段、五至七年级为一个学段、八至九年级为一个学段；三是三段一体办学模式，如一至二年级实现幼小衔接、三至五年级体现“合格+特长”、六至九年级分解知识点完成小中衔接，防止择校生。
第三，四段式。将九年一贯制分为四个学段：一至二年级为第一“级段部”、三至五年级为第二“级段部”，六至七年级为第三“级段部”，八至九年级为第四“级段部”。[20]
（三）实施九年一贯制的问题与对策
目前，九年一贯制在全国各省份都处于实践探索阶段，虽然数量在增多，经验也有所总结，但总的来说，仍然存在不少问题，面临较大的困难，在实施过程中存在一定的阻力。
2014年北京师范大学中国基础教育质量监测协同创新中心与某副省级城市合作开展“中小学生综合素养阳光评价项目”，调查九年一贯制学校学生与完全小学/独立初中学生在学业、心理健康上的发展状况，进而探寻九年一贯制学校的优势与不足之处。通过大量的数据分析得出：其一，九年一贯制学校四年级学生的语文成绩、数学成绩平均分均显著低于完全小学学生，九年一贯制学校四年级学生成绩的标准差明显大于完全小学学生；九年一贯制学校八年级学生的语文成绩、数学成绩平均分均显著低于独立初中学生，九年一贯制学校八年级学生成绩的标准差略小于独立初中学生。其二，从心理健康来看，九年一贯制学校四年级学生的主观幸福感、自尊、耐挫性、师生关系、同伴关系、亲子关系、亲社会行为得分显著低于完全小学学生，抑郁、校园受欺负、网络成瘾得分显著高于完全小学学生；九年一贯制学校八年级学生的耐挫性、师生关系、校园受欺负得分高于独立初中学生，抑郁、同伴关系得分低于独立初中学生，主观幸福感、自尊、亲子关系、亲社会行为、网络成瘾得分与独立初中学生不存在显著差异。结论：九年一贯制学校的教育质量不高，会对学生的成长造成更大的损失，因此应高度重视九年一贯制学校的办学效果。政府应科学规划九年一贯制学校布局，全面评估九年一贯制学校对学生发展的影响。加强对九年一贯制薄弱学校的管理与政策扶持。九年一贯制学校需要做好长期发展规划，利用自身学制连贯性的优势，统筹学生学业能力和综合素质的渐进性发展，提高办学质量和办学效益。[21]
义务教育九年一贯制办学中存在的最大问题就在于小学与初中办学上的“两张皮”问题，即各自有自己的办学思想和办学理念，并且不相互衔接或缺乏一致性。同时，由于二者之间的“貌合神离”，导致在教育目标设置、教育教学安排、学校行政管理、教师队伍建设等方面各自为政，缺乏联系与沟通。这导致九年一贯制办学不能真正实现“一贯”而行。
首先，教育主管部门在考核评估九年一贯制学校时没有相匹配的政策，不少九年一贯制学校的管理者对如何实施九年一贯心中无数、行为短视。校长是一校之魂，学校管理者的办学追求决定了学校的发展方向和教育教学的质量。对于九年一贯制学校的管理者来说，九年一贯制本来是实施素质教育、促进学校发展最大的机遇，但现实的情形则是，不少九年一贯制学校的管理者并没有更新理念，而是将九年一贯简单理解为六年小学加三年初中，九年一贯本该具备的优势自然难以发挥。人员的管理模式仍然沿用各自原有的模式，也没有对学校的整体发展作深入的探讨，对学校的特色发展并没有考虑九年一贯的特点。此外，缺少相匹配的考核评估政策导向，在现实利益的驱动下，常常表现为行为短视，只是应对考试，应对考核，对于学生、学校的长远发展则难以顾及。
其次，九年一贯制学校生源难以稳定，优质生源较易流失，影响学校对学生发展整体一贯的规划落实。生源相对稳定是一个学校正常运转的重要保障，而对于九年一贯制学校而言，稳定的生源则具备另一层重要意义，就是学校可以在连续的时间中规划并实施对学生的培养。但在当前的形势下，不少九年一贯制学校的生源很不稳定，六年级择校考后，不少学生“人往高处走”，到名校或办学声誉度更高的学校去，优质生源流失较多。这使得学校难以对学生发展作整体一贯的规划。而优质生源的流失，容易造成一定程度上的恶性循环，给学校生存发展带来一定的消极影响。
最后，不同学段衔接不畅，九年一贯制学校内存在教与学的重复浪费。从一年级到九年级，存在着若干相对独立的学段，这是客观事实。小学和初中的分隔使得学段衔接成为一个突出问题。而九年一贯制学校本来有条件较好地处理这个问题，但实际则不然，九年一贯制学校仍然存在着学段衔接不畅问题。六年级老师往往不用考虑在培养学生方面如何承前启后，而同在一校的七年级老师对六年级教学也少有观察了解乃至影响，教与学存在着耗费较高的问题。
卢伟通过对北京16个区（县）130所九年一贯制学校的调查，指出：部分学校受一校多址条件制约；学校人力资源统筹管理难度大；与一贯制相配套的人才培养核心环节改革相对滞后；针对一贯制单行评价标准缺失；与一贯制协同的内外部管理体制亟待理顺。[22]
针对存在的问题与面临的困境，学者们也提出了一些建议。如王承清、程双涛、程墩明三位学者建议，打造两支队伍（管理队伍和教师队伍），因地制宜，科学发展，创新管理；建立既相对分段又连贯一体的九年一贯制管理体制；完善教师管理与评价机制，搭建平台制度立足；建立九年一贯制学生成长评价体系，深化评价主体多元化。[23]
卢伟建议，政府要加强相关顶层制度设计，改变制度供给滞后的被动局面，尽快出台办学标准和相关制度；加大教育行政管理体制改革力度，单设一贯制学校管理办公室；加大对民办一贯制学校的政策扶持和规范力度。[24]
杜永强、沈海训提出，建立既相对分段又连贯一体的九年一贯制管理体制；提高学校管理者的素质；完善教师管理与评价机制；建立九年一贯制学生成长评价体系，深化评价主体多元化；充分发展学生的个性特长。[25]
在未来几年，落实九年义务教育的国家政策的同时，应该加强理论与实践的研究，总结实践经验，探索九年一贯制的学制模式与教育教学规律，从而全面推广九年一贯制。
