1993年，中共中央、国务院印发了《中国教育改革和发展纲要》，明确提出在20世纪90年代实现基本普及九年义务教育、基本扫除青壮年文盲的目标（简称“两基”）。1994年7月以后，国务院、国家教委先后发布了《关于〈中国教育改革和发展纲要〉的实施意见》《关于在九十年代基本普及九年义务教育和基本扫除青壮年文盲的实施意见》等文件，对“两基”的具体要求、目标、步骤、实施方式等作出明确规定。1994年，《普及义务教育评估验收暂行办法》颁布，对义务教育普及程度、师资水平、教育质量、教育经费等方面规定了具体指标，在县级人民政府进行自查的基础上，每年由省级人民政府进行验收，国家教委（教育部）进行抽查。1995年3月，《中华人民共和国教育法》颁布，其中第十八条、第五十七条对义务教育的权利、义务以及经费来源加以明确，我国义务教育法律体系得以形成。
为了帮助贫困地区发展义务教育，国家教委（教育部）、财政部于1995—2000年在西部地区实施了历史上最大规模的“国家贫困地区义务教育工程”（以下简称“工程”），极大地改善了贫困地区义务教育的办学条件。“工程”共投入资金124.62亿元（其中中央财政总投入39亿元，项目省地方财政配套59.52亿元，其他非财政资金26.1亿元），覆盖了22个省（自治区、直辖市）的852个县（旗），受益人口约2.5亿。“工程”共新建项目小学2792所，项目初中854所；改扩建项目小学22625所，项目初中5546所。共新建和改扩建小学校舍1341万平方米，新建和改扩建初中校舍855万平方米。购置小学和初中课桌628万单人套，购置小学和初中图书10188万册，购置的小学和初中教学仪器价值80383万元。培训小学和初中教师45万人次，培训小学和初中校长7万人次。“工程”实施后，取得了良好的投资效益和良好的社会效益，在“工程”的促进下，852个项目县（旗）中，有428个实现了普及九年义务教育目标，有242个普及了初等义务教育。[8]这一项目为贫困地区基础教育的发展奠定了坚实的基础，加快了普及义务教育的发展步伐。
为了多渠道增加教育投入，政府广泛动员社会各界参与普及义务教育，1996-2000年，社会各界向农村义务教育捐资超过310亿元。其中，由中国青少年发展基金会等单位发起的“希望工程”筹措捐款20多亿元，援建“希望小学”8300所，贫困地区230多万失学孩子重返校园，为乡村小学捐建了10000个“希望书库”，培训贫困地区小学教师2300名。“春蕾计划”已帮助105万人次女童重返校园。这些项目极大地支持了贫困落后地区和贫困家庭的儿童完成义务教育。在财政性教育经费不断增长的情况下，多渠道投资体制逐渐形成。
经过多方面努力，到2000年，我国基本实现了“普九”目标，实现“普九”的人口地区达85%，全国累计有11个省份完成“两基”任务，2385个县（另有县级行政区划单位156个，合计2541个）实现了“两基”目标。小学学龄儿童入学率达99.1%，比1990年增加了1.3%；小学生辍学率为0.55%，比1990年降低了1.81%。全国初中毛入学率达到88.6%。义务教育阶段师资和办学条件得到较大改善。到2000年，小学教师的学历合格率提升至96.9%，初中教师的学历合格率上升到87%。基本普及九年义务教育的战略目标如期实现。
